database-lookup

数据库查询

你可以通过 REST API 访问 78 个公共数据库。你的任务是判断哪些数据库与用户的问题相关，查询这些数据库，并返回原始 JSON 结果以及所用数据库。

核心工作流程

1. 理解查询内容 —— 用户想查找什么？化合物？基因？通路？专利？表达数据？经济指标？这将决定要访问哪些数据库。

2. 选择数据库 —— 使用下方的数据库选择指南。如有疑问，可查询多个数据库；扩大搜索范围总比遗漏相关数据好。

3. 阅读参考文件 —— 每个数据库在 references/ 中都有一个参考文件，其中包含端点详情、查询格式和调用示例。进行 API 调用前，请先阅读相关文件。

4. 进行 API 调用 —— 请参阅下方的 进行 API 调用 部分，了解在你的平台上应使用哪种 HTTP 获取工具。

5. 返回结果 —— 始终返回：

   • 每个数据库的原始 JSON 响应
   • 已查询数据库列表及所用的具体端点
   • 如果查询没有返回结果，请明确说明，不要省略

数据库选择指南

根据用户的意图选择合适的数据库。很多查询适合访问多个数据库。

物理与天文学

用户询问……	主要数据库	也可考虑
近地天体、小行星	NASA（NeoWs）	—
火星车图像	NASA（Mars Rover Photos）	—
系外行星、轨道参数	NASA Exoplanet Archive	—
按名称或坐标查询天体	SIMBAD	SDSS
星系／恒星光谱、测光数据	SDSS	SIMBAD
物理常数	NIST	—
原子光谱、谱线	NIST（ASD）	—

地球与环境科学

用户询问……	主要数据库	也可考虑
地震、地震活动	USGS Earthquakes	—
水数据、流量、地下水	USGS Water Services	—
天气（当前、预报、历史）	OpenWeatherMap	NOAA
气候数据、历史气象站	NOAA（CDO）	—
空气质量、有毒物质排放	EPA（Envirofacts）	—

化学与药物

用户询问……	主要数据库	也可考虑
化合物、分子	PubChem	ChEMBL
分子属性（分子量、分子式、SMILES）	PubChem	—
药物同义词、CAS 号	PubChem（同义词）	DrugBank
生物活性数据、IC50、结合实验	ChEMBL	BindingDB、PubChem
药物结合亲和力（Ki、IC50、Kd）	ChEMBL、BindingDB	PubChem
药物-靶标相互作用	ChEMBL、DrugBank	BindingDB、Open Targets
某蛋白靶标的配体（按 UniProt 查询）	BindingDB	ChEMBL
根据化合物结构识别靶标	BindingDB（SMILES 相似性）	ChEMBL
药品标签、不良事件、召回	FDA（OpenFDA）	DailyMed
药品标签（结构化产品标签）	DailyMed	FDA（OpenFDA）
药物药理学、适应症	DrugBank	FDA
化学交叉引用	PubChem（xrefs）	ChEMBL
可用于筛选的市售化合物	ZINC	PubChem
相似性／子结构搜索（可购买）	ZINC	PubChem、ChEMBL
类药化合物库、构建模块	ZINC	—
FDA 批准药物的结构	ZINC（fda 子集）	PubChem、FDA
化合物可购买性、供应商目录	ZINC	—

材料科学与晶体学

用户询问……	主要数据库	也可考虑
按化学式或元素查询材料	Materials Project	COD
带隙、电子结构	Materials Project	—
晶体结构、CIF 文件	COD	Materials Project
弹性／力学性质	Materials Project	—
形成能、热力学	Materials Project	—
晶胞参数、空间群	COD	Materials Project

生物学与基因组学

用户询问……	主要数据库	也可考虑
生物通路	Reactome、KEGG	—
某个基因/蛋白质参与哪些通路	Reactome（映射）、KEGG	—
酶动力学、催化活性	BRENDA	KEGG
代谢组学研究、代谢物谱	Metabolomics Workbench	PubChem
m/z 或精确质量查询	Metabolomics Workbench（moverz/exactmass）	PubChem
蛋白质序列、功能、注释	UniProt	Ensembl
蛋白质-蛋白质相互作用	STRING	BioGRID
基因信息、基因组位置	NCBI Gene	Ensembl
基因组序列、变异、转录本	Ensembl	NCBI Gene
基因表达数据集	GEO（NCBI E-utilities）	—
不同组织中的基因表达	GTEx	Human Protein Atlas
基因表达特征（CMap/L1000）	LINCS L1000	GEO
对 GEO 进行基因集富集分析	RummaGEO	GEO
蛋白质序列（NCBI）	NCBI Protein	UniProt
分类学分类	NCBI Taxonomy	—
SNP/变异数据（dbSNP）	dbSNP	ClinVar、gnomAD
群体变异频率	gnomAD	dbSNP
测序运行元数据	SRA	ENA、GEO
核苷酸序列（欧洲档案）	ENA	SRA、NCBI Gene
基因组组装、原始 reads（欧洲）	ENA	SRA、Ensembl
序列登录号的交叉引用	ENA（xref）	NCBI Gene、UniProt
基因组注释、轨道	UCSC Genome Browser	Ensembl
3D 蛋白质结构（实验测定）	PDB（RCSB）	EMDB
3D 蛋白质结构（预测）	AlphaFold DB	PDB
EM 图谱、冷冻电镜结构	EMDB	PDB
蛋白质家族、结构域	InterPro	UniProt
化学实体（生物学）	ChEBI	PubChem
蛋白质/遗传相互作用	BioGRID	STRING
基因功能注释（GO 术语）	QuickGO	Gene Ontology
调控元件、ChIP-seq、ATAC-seq	ENCODE	—
转录因子结合谱/基序	JASPAR	ENCODE
不同组织中的蛋白质表达	Human Protein Atlas	UniProt
单细胞图谱项目	Human Cell Atlas	—
蛋白质组学数据集	PRIDE	—
小鼠基因数据	MouseMine	NCBI Gene
质粒资源库	Addgene	—

生物体/物种很重要。 大多数生物学数据库涵盖多种生物体。如果用户的查询涉及特定生物体，请明确传入该信息，不要默认是人类。常见模式：Ensembl 在 URL 路径中使用 {species}（例如 homo_sapiens）；STRING/BioGRID/QuickGO 使用 NCBI taxon ID（人类为 species=9606，小鼠为 10090）；UniProt 在搜索查询中使用 organism_id:9606；KEGG 使用生物体代码（hsa、mmu）。GTEx 和 Human Protein Atlas 仅涵盖人类。请查阅每个数据库的参考文件，了解其具体参数。

疾病与临床

用户询问……	主要数据库	也可考虑
癌症中的体细胞突变	COSMIC	Open Targets、cBioPortal
癌症基因组学（TCGA）	GDC（TCGA）	COSMIC、cBioPortal
癌症研究中的突变、CNA、表达	cBioPortal	GDC（TCGA）、COSMIC
肿瘤临床数据（生存、分期）	cBioPortal	GDC（TCGA）
药物-靶点-疾病关联	Open Targets	ChEMBL
基因-疾病关联	DisGeNET	Open Targets、Monarch
孟德尔疾病-基因关系	OMIM	NCBI Gene
变异的临床意义	ClinVar（NCBI）	OMIM
GWAS SNP-性状关联	GWAS Catalog	—
疾病-表型-基因关联	Monarch Initiative	HPO
表型本体、HPO 术语	HPO	Monarch
药物基因组学、药物-基因相互作用	ClinPGx（PharmGKB）	DrugBank
药物/疾病的临床试验	ClinicalTrials.gov	FDA
疾病相关表达数据	GEO	Open Targets

专利与监管

用户询问……	主要数据库	也可考虑
按关键词或技术查找专利	USPTO (PatentsView)	—
按发明人或受让人查找专利	USPTO (PatentsView)	—
专利审查状态	USPTO (PEDS)	—
商标查询	USPTO (TSDR)	—
SEC 公司文件、10-K、10-Q	SEC EDGAR	—

经济与金融

用户询问……	主要数据库	也可考虑
美国经济时间序列（GDP、CPI、利率）	FRED	BEA
就业、工资、劳动力统计数据	BLS	FRED
GDP、国民账户	BEA	FRED, World Bank
国际发展指标	World Bank	FRED
利率、货币供应量	Federal Reserve	FRED
欧元汇率、ECB 货币统计数据	ECB	—
美国债务、收益率曲线、财政数据	US Treasury	FRED
股票价格、外汇、加密货币	Alpha Vantage	—
多个主题的统计数据	Data Commons	—

社会科学与人口统计

用户询问……	主要数据库	也可考虑
美国人口、住房、收入数据	US Census	Data Commons
欧盟统计数据（经济、贸易、健康）	Eurostat	World Bank
全球健康指标（死亡率、疾病）	WHO GHO	World Bank

跨领域查询

用户询问……	主要数据库	也可考虑
某种化合物的所有信息	PubChem + ChEMBL + DrugBank	BindingDB, ZINC, Reactome, FDA
某个基因的所有信息	NCBI Gene + UniProt + Ensembl	Reactome, STRING, COSMIC, cBioPortal, ENA
某个变异的所有信息	dbSNP + ClinVar + gnomAD	GWAS Catalog, COSMIC, cBioPortal
药物靶点通路	ChEMBL + Reactome	Open Targets, GEO
化学发明的现有技术	USPTO + PubChem	ChEMBL
某种材料的所有信息	Materials Project + COD	—
美国经济概况	FRED + BLS + BEA	Federal Reserve

当用户的查询涉及多个领域时（例如“我们对阿司匹林了解些什么”或“查找 BRCA1 的所有信息”），请并行查询所有相关数据库。

常见标识符格式

不同数据库使用不同的标识符系统。如果查询失败，可能是标识符格式不正确。以下是快速参考：

标识符	格式	示例	使用方
UniProt 登录号	P##### 或 Q#####	P04637 (TP53)	UniProt, STRING, AlphaFold, Reactome 映射
Ensembl 基因 ID	ENSG###########	ENSG00000141510	Ensembl, Open Targets, GTEx
NCBI Gene ID	整数	7157 (TP53)	NCBI Gene, GEO, DisGeNET, HPO
HGNC ID	HGNC:#####	HGNC:11998	Monarch
PubChem CID	整数	2244 (阿司匹林)	PubChem
ZINC ID	ZINC + 15 位数字	ZINC000000000053 (阿司匹林)	ZINC
ENA 项目	PRJEB + 数字	PRJEB40665	ENA
ENA 运行	ERR + 数字	ERR1234567	ENA
ENA 实验	ERX + 数字	ERX1234567	ENA
ENA 样本	ERS + 数字	ERS1234567	ENA
ChEMBL ID	CHEMBL####	CHEMBL25 (阿司匹林)	ChEMBL
Reactome 稳定 ID	R-HSA-######	R-HSA-109581	Reactome
HP 术语	HP:#######	HP:0001250 (癫痫发作)	HPO（将冒号 URL 编码为 %3A）
MONDO 疾病	MONDO:#######	MONDO:0007947	Monarch
GO 术语	GO:#######	GO:0008150	QuickGO, Gene Ontology
dbSNP rsID	rs########	rs334	dbSNP, GWAS Catalog, gnomAD
GENCODE ID	ENSG###.##（带版本号）	ENSG00000139618.17	GTEx（需要版本后缀）

标识符解析

当数据库无法识别某个标识符时，请使用以下工作流进行转换：

基因：符号（例如“TP53”）→ 在 NCBI Gene 中查询（按符号进行 esearch）→ 获取 NCBI Gene ID → 通过 Ensembl /xrefs/symbol/homo_sapiens/{symbol} 转换为 Ensembl ID，或通过 UniProt 搜索（gene_exact:{symbol} AND organism_id:9606）转换为 UniProt 登录号。

化合物：名称 → PubChem /compound/name/{name}/cids/JSON → 获取 CID → 通过 UniChem 或 ChEMBL 分子搜索转换为 ChEMBL ID。如果按名称查询失败，请尝试 SMILES、InChIKey 或 CAS 编号。

变体：rsID（例如“rs334”）可直接用于 dbSNP、ClinVar、GWAS Catalog、gnomAD。对于基因组坐标，使用 Ensembl VEP 获取后果注释和关联的 rsID。

疾病：名称 → 在 Open Targets 或 Monarch 中搜索 → 获取 EFO 或 MONDO ID → 用于下游查询。

仅支持 POST 的 API

这些数据库需要 HTTP POST，且无法通过 WebFetch 使用（仅支持 GET）。请改用平台的 Shell 工具通过 curl 调用：

数据库	需要 POST 的原因	示例
Open Targets	GraphQL 端点	curl -X POST -H "Content-Type: application/json" -d '{"query":"..."}' https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql
gnomAD	GraphQL 端点	curl -X POST -H "Content-Type: application/json" -d '{"query":"..."}' https://gnomad.broadinstitute.org/api
RummaGEO	仅支持 POST 的富集服务	curl -X POST -H "Content-Type: application/json" -d '{"genes":["..."]}' https://rummageo.com/api/enrich
GDC/TCGA	复杂的筛选查询	curl -X POST -H "Content-Type: application/json" -d '{"filters":...}' https://api.gdc.cancer.gov/ssms
SEC EDGAR	需要 User-Agent 标头	curl -H "User-Agent: YourApp [email protected]" https://efts.sec.gov/LATEST/search-index?q=...

API 密钥和访问限制

某些数据库需要 API 密钥或存在访问限制。需要 API 密钥时：

1. 先检查当前环境——该密钥可能已作为 Shell 环境变量导出（例如 $FRED_API_KEY）。直接从环境中读取。
2. 再检查 .env——如果环境中没有该变量，请检查当前工作目录中的 .env 文件。
3. 如果两处都没有——不使用密钥继续操作（大多数 API 仍可在较低的速率限制下使用），并告知用户缺少哪个密钥以及如何获取。

需要 API 密钥的数据库（免费注册）

数据库	环境变量	注册网址
FRED	FRED_API_KEY	https://fred.stlouisfed.org/docs/api/api_key.html
BEA	BEA_API_KEY	https://apps.bea.gov/API/signup/
BLS	BLS_API_KEY	https://data.bls.gov/registrationEngine/
NCBI（GEO、Gene）	NCBI_API_KEY	https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/settings/
OpenFDA	OPENFDA_API_KEY	https://open.fda.gov/apis/authentication/
USPTO（PatentsView）	PATENTSVIEW_API_KEY	https://patentsview.org/apis/keyrequest
Data Commons	DATACOMMONS_API_KEY	Google Cloud Console
Materials Project	MP_API_KEY	https://materialsproject.org（免费账户）
NASA	NASA_API_KEY	https://api.nasa.gov（免费，可使用 DEMO_KEY）
NOAA（CDO）	NOAA_API_KEY	https://www.ncdc.noaa.gov/cdo-web/token
OpenWeatherMap	OPENWEATHERMAP_API_KEY	https://openweathermap.org/appid
OMIM	OMIM_API_KEY	https://omim.org/api（免费学术账户）
BioGRID	BIOGRID_API_KEY	https://webservice.thebiogrid.org（免费）
Alpha Vantage	ALPHAVANTAGE_API_KEY	https://www.alphavantage.co/support/#api-key
US Census	CENSUS_API_KEY	https://api.census.gov/data/key_signup.html
DisGeNET	DISGENET_API_KEY	https://www.disgenet.org（免费学术账户）
Addgene	ADDGENE_API_KEY	https://www.addgene.org（免费账户）
LINCS L1000（CLUE）	CLUE_API_KEY	https://clue.io（免费学术账户）

这些 API 密钥均可免费获取。无需密钥也能使用这些 API，但速率限制较低。请务必先尝试使用密钥——如果未设置环境变量，则不使用密钥继续操作，并在回复中说明速率限制可能较低。

需要付费或受限访问的数据库

数据库	限制	免费替代方案
DrugBank	需要付费 API 许可证	改用 ChEMBL、PubChem 和 OpenFDA
COSMIC	需要免费学术注册（JWT 身份验证）	使用 Open Targets 获取癌症突变数据
BRENDA	需要免费注册（使用 SOAP，而非 REST）	使用 KEGG 获取酶和通路数据

如果数据库需要付费或注册，而用户尚未完成设置：

1. 改用能够回答相同问题的免费替代方案
2. 告知用户无法访问哪个数据库、原因，以及改用了什么
3. 如果用户明确要求使用受限数据库，请说明访问要求，以便用户完成设置

加载 API 密钥

步骤 1 — 检查当前环境。 密钥可能已作为 shell 变量导出。例如，在 Claude Code 中，可以通过 Bash 执行 echo $FRED_API_KEY 进行检查。如果变量已设置且非空，请使用该密钥。

步骤 2 — 检查 .env 文件。 如果未设置环境变量，请读取当前工作目录中的 .env。格式如下：

FRED_API_KEY=your_key_here
BEA_API_KEY=your_key_here

步骤 3 — 不使用密钥继续操作。 如果两个来源中都没有密钥，则不使用密钥继续操作（大多数 API 仍可在较低速率限制下使用），并告知用户。

发起 API 调用

使用环境提供的 HTTP 获取工具调用 REST 端点。工具名称因平台而异：

平台	HTTP 获取工具	备用方式
Claude Code	WebFetch	通过 Bash 使用 curl
Gemini CLI	web_fetch	通过 shell 使用 curl
Windsurf	read_url_content	通过 terminal 使用 curl
Cursor	无专用获取工具	通过 run_terminal_cmd 使用 curl
Codex CLI	无专用获取工具	通过 shell 使用 curl
Cline	无专用获取工具	通过 execute_command 使用 curl

如果你不认识当前平台，或者获取工具调用失败，请改用任何可用的 shell/terminal 工具，通过 curl 获取。示例：

curl -s -H "Accept: application/json" "https://api.example.com/endpoint"

请求指南

• 在支持的情况下设置 Accept: application/json 标头
• 对查询参数中的特殊字符进行 URL 编码——SMILES 字符串（/、#、=、@）、带括号的化合物名称，以及带冒号的本体术语（HP:0001250 → HP%3A0001250）都是常见的故障来源。使用 curl 时，请使用 --data-urlencode 以确保安全。
• 可以并行：查询不同数据库时（例如 PubChem + ChEMBL + Reactome），可以并行执行——大多数 API 的速率限制都比较宽松。
• 对有速率限制的 API 串行发送请求：NCBI API（Gene、GEO、Protein、Taxonomy、dbSNP、SRA）在没有密钥时为每秒 3 次请求，有密钥时为每秒 10 次。还需注意：Ensembl（每秒 15 次请求）、BLS v1（无密钥时每天 25 次请求）、SEC EDGAR（每秒 10 次请求）、NOAA（使用令牌时每秒 5 次请求）。
• 如果遇到速率限制错误（HTTP 429 或 503），请稍等片刻后重试一次

错误恢复

如果 API 返回错误或结果为空：

1. 检查标识符格式——使用上方的常见标识符格式表。基因符号可能需要先转换为 NCBI Gene ID 或 Ensembl ID。
2. 尝试其他标识符——如果化合物名称在 PubChem 中查询失败，请尝试 SMILES、InChIKey 或 CID。如果基因符号查询失败，请尝试 NCBI Gene ID。
3. 尝试其他数据库——如果某个数据库不可用或没有返回结果，请查看选择指南中的“另请考虑”列，寻找替代数据库。
4. 报告故障——告知用户哪个数据库出现故障、错误内容，以及你尝试了哪些替代方法。

分页

许多 API 会对结果进行分页——如果只读取第一页，可能会漏掉数据。常见模式：

• 偏移量/限制：offset=0&limit=100 → 下一页将偏移量增加限制值（ChEMBL、FRED、NOAA、USGS、NCBI E-utilities、ENA、GDC、FDA）
• 基于游标：响应中包含 nextPageToken 或 cursor 值——在下一个请求中传入该值（ClinicalTrials.gov、UniProt）
• 页码：page=1&per_page=50 → 递增页码（World Bank、cBioPortal、ZINC）

请查阅各数据库的参考文件，了解其特定的分页参数。如果响应包含 total、totalCount 或 next，且返回结果的数量少于总数，则说明还有更多页面。

对于定向查询（单个基因、单个化合物），通常第一页就足够了。用户需要完整结果时（例如“X 的所有临床试验”或“基因 Y 中所有已知变异”），请进行分页。

输出格式

请按以下格式组织响应：

## Databases Queried
- **PubChem** — /compound/name/aspirin/property/...
- **Reactome** — /search/query?query=aspirin

## Results

### PubChem
[raw JSON response]

### Reactome
[raw JSON response]

如果结果非常多，请展示最相关的部分，并说明还有其他数据可用。但默认情况下应展示完整的原始 JSON——用户要求的就是这个。

添加新数据库

此技能专为扩展而设计。每个数据库都在 references/ 中有一个独立的参考文件。添加新数据库的方法：

1. 按照现有文件的格式创建 references/<database-name>.md
2. 在上方的数据库选择指南中添加一条目
3. 参考文件应包含：基本 URL、关键端点、查询参数格式、调用示例、速率限制和响应结构

可用数据库

进行任何 API 调用前，请先阅读相关参考文件。

物理与天文学

数据库	参考文件	涵盖内容
NASA	references/nasa.md	近地天体小行星、火星车、APOD
NASA Exoplanet Archive	references/nasa-exoplanet-archive.md	系外行星、轨道参数
NIST	references/nist.md	物理常数、原子光谱
SDSS	references/sdss.md	星系/恒星光谱、光度测量
SIMBAD	references/simbad.md	天文目标目录

地球与环境科学

数据库	参考文件	涵盖内容
USGS	references/usgs.md	地震、水文数据
NOAA	references/noaa.md	气候、气象站数据
EPA	references/epa.md	空气质量、有毒物质排放
OpenWeatherMap	references/openweathermap.md	当前天气/预报

化学与药物

数据库	参考文件	涵盖内容
PubChem	references/pubchem.md	化合物、属性、同义词
ChEMBL	references/chembl.md	生物活性、药物发现
DrugBank	references/drugbank.md	药物数据、相互作用（付费）
FDA (OpenFDA)	references/fda.md	药品标签、不良事件、召回
DailyMed	references/dailymed.md	药品标签（NIH/NLM）
KEGG	references/kegg.md	通路、基因、化合物
ChEBI	references/chebi.md	具有生物学意义的化学实体
ZINC	references/zinc.md	可商业购买的化合物、虚拟筛选
BindingDB	references/bindingdb.md	实验测得的结合亲和力

材料科学

数据库	参考文件	涵盖内容
Materials Project	references/materials-project.md	带隙、弹性属性、晶体结构
COD	references/cod.md	晶体结构、CIF 文件

生物学与基因组学

数据库	参考文件	涵盖内容
Reactome	references/reactome.md	生物通路、反应
BRENDA	references/brenda.md	酶动力学、催化（SOAP）
UniProt	references/uniprot.md	蛋白质序列、功能
STRING	references/string.md	蛋白质-蛋白质相互作用
Ensembl	references/ensembl.md	基因组、变异、序列
NCBI Gene	references/ncbi-gene.md	基因信息、链接
NCBI Protein	references/ncbi-protein.md	蛋白质序列、记录
NCBI Taxonomy	references/ncbi-taxonomy.md	分类学分类
GEO (NCBI)	references/geo.md	基因表达数据集
GTEx	references/gtex.md	不同组织中的基因表达
PDB	references/pdb.md	蛋白质三维结构
AlphaFold DB	references/alphafold.md	预测的蛋白质结构
EMDB	references/emdb.md	电子显微镜图谱
InterPro	references/interpro.md	蛋白质家族、结构域
BioGRID	references/biogrid.md	蛋白质/遗传相互作用
Gene Ontology	references/gene-ontology.md	GO 术语、基因注释
QuickGO	references/quickgo.md	GO 注释（EBI，推荐）
dbSNP	references/dbsnp.md	SNP/变异数据
SRA	references/sra.md	测序运行元数据
gnomAD	references/gnomad.md	群体变异频率（POST）
UCSC Genome Browser	references/ucsc-genome.md	基因组注释、轨道
ENCODE	references/encode.md	DNA 元件、ChIP-seq、ATAC-seq
JASPAR	references/jaspar.md	TF 结合谱/基序
Human Protein Atlas	references/human-protein-atlas.md	不同组织中的蛋白质表达
Human Cell Atlas	references/hca.md	单细胞图谱数据
LINCS L1000	references/lincs-l1000.md	基因表达特征（CMap）
RummaGEO	references/rummageo.md	GEO 基因集富集分析（POST）
PRIDE	references/pride.md	蛋白质组学数据存储库
Metabolomics Workbench	references/metabolomics-workbench.md	代谢组学研究、代谢物
MouseMine	references/mousemine.md	小鼠基因组信息学
ENA	references/ena.md	核苷酸序列、读段、组装、分类学（EMBL-EBI）
Addgene	references/addgene.md	质粒存储库

疾病与临床

数据库	参考文件	涵盖内容
Open Targets	references/opentargets.md	靶点与疾病关联（POST）
COSMIC	references/cosmic.md	癌症中的体细胞突变
ClinPGx (PharmGKB)	references/clinpgx.md	药物基因组学
ClinicalTrials.gov	references/clinicaltrials.md	临床试验注册库
OMIM	references/omim.md	孟德尔遗传病基因数据
ClinVar	references/clinvar.md	变异的临床意义
GDC (TCGA)	references/tcga-gdc.md	癌症基因组学、突变（POST）
cBioPortal	references/cbioportal.md	癌症研究中的突变、CNA、表达和临床数据
DisGeNET	references/disgenet.md	基因与疾病关联
GWAS Catalog	references/gwas-catalog.md	GWAS SNP-性状关联
Monarch Initiative	references/monarch.md	疾病-表型-基因关联
HPO	references/hpo.md	人类表型本体

专利与监管

数据库	参考文件	涵盖内容
USPTO	references/uspto.md	专利、商标
SEC EDGAR	references/sec-edgar.md	公司申报文件（需要 User-Agent 标头）

经济与金融

数据库	参考文件	涵盖内容
FRED	references/fred.md	美国经济时间序列
Federal Reserve	references/federal-reserve.md	货币与金融数据
BEA	references/bea.md	GDP、国民账户
BLS	references/bls.md	就业、工资、CPI
World Bank	references/worldbank.md	发展指标
ECB	references/ecb.md	欧元汇率、货币统计数据
US Treasury	references/treasury.md	债务、收益率曲线、财政数据
Alpha Vantage	references/alphavantage.md	股票、外汇、加密货币
Data Commons	references/datacommons.md	统计知识图谱

社会科学与人口统计

数据库	参考文件	涵盖内容
US Census	references/census.md	人口、住房、经济调查
Eurostat	references/eurostat.md	欧盟统计数据
WHO GHO	references/who.md	全球健康指标