devtu-auto-discover-apis

自动发现生命科学 API 并创建工具

发现、创建、验证生命科学 API，并将其集成到 ToolUniverse。

四阶段工作流

Gap Analysis → API Discovery → Tool Creation → Validation → Integration
     ↓              ↓               ↓              ↓            ↓
  Coverage      Web Search      devtu-create   devtu-fix    Git PR

在发现、创建、验证之后以及创建 PR 之前设置人工审批关卡。

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阶段 1：发现与差距分析

1.1 分析当前覆盖范围

加载 ToolUniverse，按领域对工具进行分类（基因组学、蛋白质组学、药物发现、临床、组学、影像、文献、通路、系统生物学）。统计每个类别的工具数量。

1.2 确定领域差距

• 关键差距：某类别中的工具少于 5 个
• 中等差距：有 5–15 个工具，但缺少关键子类别
• 新兴差距：尚未覆盖的新技术

常见差距：单细胞基因组学、代谢组学、患者登记库、微生物基因组学、多组学整合、合成生物学、毒理学。

1.3 搜索 API

针对每个存在差距的领域，运行多条查询：

1. "[domain] API REST JSON" — 直接搜索 API
2. "[domain] public database" — 搜索数据库
3. "[domain] API 2025 OR 2026" — 查找近期发布的 API
4. "[domain] database" site:nar.oxfordjournals.org — 搜索 NAR 数据库专题

提取：基础 URL、端点、身份验证方式、参数架构、速率限制。

1.4 评分并确定优先级

标准	最高分
文档质量	20
API 稳定性	15
身份验证的简便性	15
覆盖范围	15
维护情况	10
社区支持	10
许可证	10
速率限制	5

高优先级（>=70），中优先级（50–69），低优先级（<50）。

1.5 生成发现报告

包括覆盖范围分析、按优先级排序且附有评分的候选 API，以及实施路线图。

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阶段 2：创建工具

对于每个 API，使用 Skill(skill="devtu-create-tool") 或遵循以下模式。

架构决策

• 多个端点 → 多操作工具（单个类、多个 JSON 包装器）
• 单个端点 → 可采用单操作工具

关键步骤

1. 按照模板设计工具类 — 参见 references/tool-templates.md
2. 创建包含 oneOf return_schema 的 JSON 配置
3. 查找真实测试示例（使用 List 端点 → 提取 ID → 验证）
4. 在 default_config.py 中注册

关键要求

• return_schema 必须包含 oneOf（成功和错误架构）
• test_examples 必须使用真实 ID（不得使用占位符）
• 工具名称不得超过 55 个字符
• 切勿在 run() 中引发异常 — 返回错误字典
• 为所有 HTTP 请求设置超时（30s）

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阶段 3：验证

完整指南：references/validation-guide.md

快速验证清单

1. 架构：oneOf 结构、数据包装器、错误字段
2. 占位符：test_examples 中不得包含 TEST/DUMMY/PLACEHOLDER
3. 加载：三步检查（类已注册、配置已注册、包装器已生成）
4. 集成测试：python scripts/test_new_tools.py [api_name] -v → 通过率 100%

使用 Skill(skill="devtu-fix-tool") 修复失败项。

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阶段 4：集成

使用 Skill(skill="devtu-github") 或：

1. 创建分支：feature/add-[api-name]-tools
2. 暂存工具文件和 default_config.py
3. 使用描述性消息提交
4. 推送并创建 PR，附上验证结果

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处理模式

模式	使用时机
批量（多个 API → 单个 PR）	同一领域、结构相似
迭代（一次处理一个 API）	身份验证复杂、模式新颖
仅发现（生成报告，不创建工具）	规划路线图
仅验证（审查现有内容）	PR 审查、质量检查

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参考资料

• 工具模板（Python 类 + JSON 配置）：references/tool-templates.md
• 验证与集成指南：references/validation-guide.md