diagrams_mermaid

Mermaid 图表

概述

此技能可帮助 Agent 为流程密集型回答制作清晰的 Mermaid 图表。 当用户明确要求图表时使用；如果没有可视化结构，说明会难以理解，也应主动使用。

主要目标：

• 将复杂的文本工作流转换为易读的 Mermaid 代码块，
• 确保语法有效且便于渲染，
• 支持通用软件／系统图表和计算生物学流程。

何时使用此技能

在以下情况下启用此技能：

• 用户要求提供图表、流程图、时序图、架构图或 Mermaid 输出，
• 回答涉及复杂流程（包含多个步骤、分支、循环或并行路径），
• 说明涉及多个系统、工具、Agent 或 API，
• 用户询问某个工作流如何端到端地协同运作（尤其是 FastFold 工作流）。

特定领域触发条件（计算生物学／科学）

• BoltzGen 设计流程（输入准备 -> 草案 -> upsert -> 执行 -> 结果），
• fold -> analysis -> OpenMM/OpenMMDL 下游工作流，
• 候选项排序／评估流程，
• 多工具研究／分析执行流程。

图表选择启发式

选择能表达结构的最简单图表：

• 流程图：逐步工作流和决策分支的默认选择。
• 时序图：用户／Agent／API／服务随时间发生的交互。
• 状态图：生命周期／状态转换。
• ER 图：数据模型中的实体及其关系。
• 甘特图／时间线：计划／里程碑视图。

如果不确定，优先使用流程图。

主动行为

对于复杂回答，如果 Mermaid 图表有助于提高清晰度，请主动加入。 保持简洁：

1. 用纯文本简要说明。
2. 添加一张 Mermaid 图表，其细节层级应最符合工作流复杂度和用户意图。
3. 将可选的补充细节放在项目符号列表中（默认不添加额外图表）。

简单的一步回答不要强行加入图表。

输出要求

始终使用 Mermaid 围栏代码块输出图表：

flowchart TD
    start[Start] --> endNode[End]

质量要求：

• Mermaid 语法有效，可直接渲染，
• 节点标签简洁（避免在节点中放入长段落），
• 命名合乎逻辑，布局清晰易读，
• 不使用多余的装饰性样式。

Mermaid 安全与渲染规则

严格遵守以下规则，以避免图表损坏：

• 使用不含空格的 ID（驼峰式、帕斯卡式或下划线形式）。
• 对包含特殊字符的边标签使用引号括起。
• 对包含括号／冒号／逗号的节点标签使用引号括起。
• 避免使用 end、graph、subgraph、flowchart 等保留 ID。
• 子图优先使用 subgraph id [Label] 格式。
• 不要使用显式颜色／样式（style、classDef、自定义填充）。
• 不要使用 click 处理程序。

请参阅 references/mermaid_syntax_rules.md。

工作流

1. 分析用户目标，识别实体、转换和决策。
2. 根据选择启发式选择图表类型。
3. 编写 Mermaid 图表，使用有效 ID 和精简标签。
4. 自行检查语法和可读性。
5. 返回最终 Mermaid 代码块，然后视需要附上简短图例／说明。

FastFold／计算生物学模板

将以下模板作为起点，并根据用户上下文进行调整：

• references/workflow_templates.md

模板涵盖：

• BoltzGen 设计流程，
• fold -> MD 工作流链，
• Agent 驱动的多步骤执行模式。

注意事项

• 优先使用一张清晰的图表，而不是多张密集的图表。
• 不要虚构不可用的系统／步骤；应如实反映实际工作流行为。
• 图表应符合用户提供的顺序和限制。
• 如果存在较大不确定性，在绘制图表前先询问缺失的流程细节。