dicom-metadata-extract

DICOM 元数据提取

用途

• 用于从单个 DICOM 文件中提取选定的元数据，并标记是否存在标准标签中的 PHI。不用于匿名化或临床用途。
• 严格按照文档中的说明使用封装器；不要用手写实现替换上游入口点。
• 清单 I/O：输入为 dicom_path；输出为 metadata_json。

说明

• 更改参数、副作用或验证门之前，请先阅读 skill_manifest.yaml。
• 通过下方文档所示的命令运行 scripts/extract_metadata.py；将输出保存在调用方提供的运行目录中。
• 如果宿主 Agent 提供 run_script，请使用 run_script("scripts/extract_metadata.py", args=[...])；否则运行下方所示的 Bash/Python 命令。
• 检查生成的 JSON，并对证据包运行 medagent.verifiers.dicom_metadata_quality_v1，之后再将该运行视为已审核证据。

可用脚本

脚本	用途	参数
scripts/extract_metadata.py	skill_manifest.yaml 中声明的主要入口点。	PATH_TO_DICOM [--output OUT.json]

先决条件

• 运行时要求：runtime.side_effects.pip_packages 中列出的 Python 包。
• 除非下方已有章节另有说明，否则请从仓库根目录运行命令。

限制

• 仅支持受 PS3.15 启发的小型标准标签子集；并非完整的 Basic Application Confidentiality Profile 实现。
• 不检查私有标签
• 不检测图像中烧录的 PHI
• 多帧处理能力有限
• 不用于临床部署、法规规定的去标识化、自主诊断或面向患者的用途。

故障排除

错误	原因	解决方法
缺少依赖或导入错误	运行时包与 skill_manifest.yaml 不一致。	安装清单中声明的包，或使用文档所示的设置命令。
输出为空或架构无效	输入路径错误、模态不受支持或上游执行失败。	使用已知测试样例重新运行，并检查封装器 JSON 和 stderr。
验证门失败	输出违反了声明的工程不变量。	保留失败的证据包，并根据验证门消息修正输入或封装器代码。

使用 pydicom 读取单个 DICOM 文件，并在标准输出中生成 JSON。

python scripts/extract_metadata.py PATH_TO_DICOM
python scripts/extract_metadata.py PATH_TO_DICOM --output result.json

输出包含 transfer_syntax、modality、分组的研究/序列/图像元数据、phi_present 和 phi_tags_found。

将此作为 Medical AI Skills 技能的最小端到端示例。不要将其用于匿名化、私有标签审查、图像中 PHI 检测或临床解读。

如需进行第二轮证据审查，请生成可信运行：

python -m eval_engine.run_trusted skills/dicom-metadata-extract \
  --fixture skills/dicom-metadata-extract/fixtures/sample_ct.dcm \
  --out runs/dicom_metadata_trusted