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dicom-series-preflight

dicom-series-preflight

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关于 dicom-series-preflight

dicom-series-preflight 用于在转换或推理前检查单个 DICOM 序列目录。它仅扫描头信息，并输出清单、方向、PHI 标记、检查结果及通过、警告或失败结论；不用于去标识化或临床审核。

主要功能

  1. 01仅扫描 DICOM 头信息
  2. 02报告清单与方向
  3. 03标记 PHI 并列出发现
  4. 04输出通过、警告或失败结论

适用场景

  1. 01转换前预检序列
  2. 02推理前检查序列

安装

复制下面的命令，在终端中运行。

$npx skills add https://github.com/nvidia/skills --skill dicom-series-preflight

安装后在 Claude Code 中输入/dicom-series-preflight确认已加载。

包含的文件

除 SKILL.md 外，安装时一起下载的参考资料和脚本。

BENCHMARK.md
skill_manifest.yaml
skill-card.md
skill.oms.sig
evals/
evals.json
fixtures/
generate_fixtures.py
scripts/
preflight_series.py
tests/
test_preflight_series.py
validators/
output_schema.json

详细介绍

DICOM 序列预检

用途

  • 在转换或推理前，对单个 DICOM 序列文件夹进行仅检查头信息的预检。不用于去标识化或临床准入评估。
  • 请严格按照文档使用封装脚本；不要用手写实现替代上游入口点。
  • 清单 I/O：输入为 dicom_dir；输出为 preflight_json。

说明

  • 更改参数、副作用或验证门槛前，请先阅读 skill_manifest.yaml。
  • 按照下方文档中的命令运行 scripts/preflight_series.py；将输出保存在调用方提供的运行目录中。
  • 如果宿主 Agent 提供 run_script，请使用 run_script("scripts/preflight_series.py", args=[...])；否则运行下方所示的 Bash/Python 命令。
  • 在将运行结果作为证据前，请检查生成的 JSON 及其配套验证器说明。

可用脚本

脚本用途参数
scripts/preflight_series.pyskill_manifest.yaml 声明的主要入口点。PATH_TO_DICOM_DIR

先决条件

  • 运行时要求：runtime.side_effects.pip_packages 中列出的 Python 包。
  • 需要 NiBabel 5.4 或更高版本，以确保极端斜轴在重新定向过程中保持一致的标注。
  • 除非下方已有章节另有说明，否则请从仓库根目录运行命令。

限制

  • 仅检查头信息；不会解码像素数据，也不会检测烧录在图像中的 PHI。
  • 标准方向门槛假定由 LPS 推导出的 CT 轴代码为 L、P、S。
  • 对压缩传输语法和多帧实例仅发出警告，不进行解码。
  • 仅扫描单个目录；不会协调同一目录树中的多个检查。
  • 不用于临床部署、法规要求的去标识化、自主诊断，也不应用于未经审核的转换器进行生产数据导入。

故障排查

错误原因修复方法
缺少依赖项或导入错误运行时包与 skill_manifest.yaml 不一致。安装清单中声明的包，或使用文档中的设置命令。
输出为空或架构无效输入路径错误、不支持的模态，或上游执行失败。使用已知测试样本重新运行，并检查封装脚本 JSON 和 stderr。
验证门槛失败输出违反了声明的工程不变量。保留失败的证据包，并根据门槛消息修正输入或封装脚本代码。

扫描一个 DICOM 目录（每个文件夹包含一个序列），不解码像素。 输出 JSON，其中包含清单、方向轴代码、PHI 标记、发现项，以及 preflight.verdict（取值为 pass、warn 或 fail）。

python scripts/preflight_series.py PATH_TO_DICOM_DIR

搭配 verifiers/dicom_preflight_quality_v1，生成可信的预检包：

make run-trusted SKILL=dicom_series_preflight \
  FIXTURE=skills/dicom-series-preflight/fixtures/clean_no_phi \
  OUT=runs/dicom_preflight_demo

旗舰工作流：

make run-workflow \
  WORKFLOW=examples/workflows/dicom_preflight_gate.yaml \
  WORKFLOW_INPUT=skills/dicom-series-preflight/fixtures/clean_no_phi \
  WORKFLOW_OUT=runs/dicom_preflight_gate

不用于去标识化、私有标签审查或临床准入评估。

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