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dicom-series-to-volume

dicom-series-to-volume

github.com/promptingcompany数据与数据库039 次安装17 周前更新
代码仓库

关于 dicom-series-to-volume

通过脚本将单个 CT DICOM 序列转换为 HU 标度的 NIfTI 体数据和 JSON 摘要，适用于需要切片排序及仿射信息的数据处理流程，不用于临床。

主要功能

  1. 01将单个 CT 序列转换为 NIfTI
  2. 02按图像位置排序切片
  3. 03应用重缩放斜率和截距
  4. 04根据方向与间距生成仿射矩阵
  5. 05将体数据元信息写入 JSON

适用场景

  1. 01为后续处理准备单序列 CT 体数据
  2. 02检查输出形状、间距和方向代码
  3. 03记录仿射矩阵及 HU 范围转换信息

安装

复制下面的命令，在终端中运行。

$npx skills add https://github.com/promptingcompany/nv-skills --skill dicom-series-to-volume

安装后在 Claude Code 中输入/dicom-series-to-volume确认已加载。

包含的文件

除 SKILL.md 外，安装时一起下载的参考资料和脚本。

BENCHMARK.md
skill_manifest.yaml
skill-card.md
skill.oms.sig
evals/
evals.json
fixtures/
generate_fixtures.py
scripts/
series_to_volume.py
validators/
output_schema.json

详细介绍

dicom_series_to_volume

用途

  • 用于将一个 CT DICOM 序列文件夹转换为带有仿射证据的 HU NIfTI 体积。不适用于多帧 DICOM 或临床用途。
  • 严格按照文档使用包装脚本；不要用手写实现替换上游入口点。
  • 清单 I/O：输入为 dicom_dir；输出为 nifti_volume 和 result_json。

说明

  • 更改参数、副作用或验证门之前，请先阅读 skill_manifest.yaml。
  • 通过下方记录的命令运行 scripts/series_to_volume.py；将输出保存在调用方提供的运行目录下。
  • 如果宿主 Agent 提供 run_script，请使用 run_script("scripts/series_to_volume.py", args=[...])；否则运行下方所示的 Bash/Python 命令。
  • 在将运行结果视为证据之前，请检查生成的 JSON 和配套的 dicom_volume_quality_v1 验证器。

可用脚本

脚本用途参数
scripts/series_to_volume.pyskill_manifest.yaml 中声明的主要入口点。PATH_TO_DICOM_DIR [--output OUT.nii.gz]

先决条件

  • 运行时要求：runtime.side_effects.pip_packages 中列出的 Python 包。
  • 除非下方已有章节另有说明，否则请从仓库根目录运行命令。

限制

  • 仅支持单个序列；预检时会拒绝多序列输入。
  • 不支持多帧 DICOM（每个文件的 NumberOfFrames > 1）。
  • 不支持压缩传输语法（JPEG / JPEG2000 / RLE）。
  • 不进行体素重定向。仿射变换根据 DICOM 标头推导，并以 NIfTI/RAS 坐标表示；在将此体积输入分割模型之前，预期由下游验证门（例如 expected_axcodes）断言方向。
  • 不用于临床部署、自主诊断、监管申报或生产推理（请使用经过审查的转换器，例如 dcm2niix）。

故障排除

错误原因修复方法
缺少依赖项或导入错误运行时包与 skill_manifest.yaml 不一致。安装清单中声明的包，或使用记录的设置命令。
输出为空或架构无效输入路径错误、不支持的模态，或上游失败。使用已知测试样例重新运行，并检查包装脚本 JSON 和标准错误输出。
验证门失败输出违反了已声明的工程不变量。保留失败的证据包，并根据验证门消息修复输入或包装脚本代码。

读取一个 DICOM 序列，按 ImagePositionPatient 对切片排序，应用 RescaleSlope 和 RescaleIntercept，根据方向和间距标签构建仿射变换， 并写入一个 .nii.gz 文件及 JSON 摘要。

python scripts/series_to_volume.py PATH_TO_DICOM_DIR --output PATH_TO_OUT.nii.gz

使用配套验证器进行可信运行：

python -m eval_engine.run_trusted skills/dicom-series-to-volume \
  --fixture PATH_TO_DICOM_DIR \
  --out runs/dicom_series_to_volume_trusted

关键输出字段：n_slices、series_instance_uid、output.path、 output.shape、output.spacing、output.axcodes、output.affine、 hu_range 和 runtime.conversion_seconds。

范围限制：仅支持单序列 CT；不支持多帧 DICOM、压缩传输语法处理、 RT 结构集、自动重定向或临床用途。

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