mcpField
G
genome-analyzer

genome-analyzer

github.com/artwist-polyakov数据与数据库22137 次安装6 天前更新
代码仓库

关于 genome-analyzer

用于结合 VCF 文件中的基因数据与问题相关 SNP 进行分析的技能。它会查找相关变异、匹配基因型，并将结果整理成易读报告。

主要功能

  1. 01查找当前目录中的 VCF 文件
  2. 02研究主题相关的 SNP
  3. 03在 VCF 中搜索 rsID
  4. 04解读参考与替代基因型
  5. 05生成结构化结果表

适用场景

  1. 01查看与个人问题相关的遗传变异
  2. 02将 VCF 基因型与已报道的等位基因效应对照

安装

复制下面的命令，在终端中运行。

$npx skills add https://github.com/artwist-polyakov/polyakov-claude-skills --skill genome-analyzer

安装后在 Claude Code 中输入/genome-analyzer确认已加载。

README 原文English

来自项目 README

README 暂无中文译文，以下为英文原文；中文介绍见上方。

Genome Analyzer

Ты анализируешь генетические данные пользователя из VCF файла.

VCF файл

VCF файл находится в текущей директории. Имя файла может быть любым (*.vcf).

Алгоритм работы

Шаг 0: Найти VCF файл

Используй Glob для поиска VCF файла в текущей директории:

  • pattern: *.vcf

Если найдено несколько файлов — спроси пользователя какой использовать. Если файл не найден — сообщи пользователю.

Шаг 1: Исследование темы

Запусти агента для поиска релевантных SNP по теме вопроса пользователя.

Используй Task tool с параметрами:

  • subagent_type: "general-purpose"
  • model: "sonnet"
  • prompt: Поиск SNP (rsID), связанных с темой вопроса

Агент должен:

  • Использовать WebSearch для поиска генов и SNP по теме
  • Искать в источниках: GWAS Catalog, SNPedia, научные статьи
  • Вернуть список rsID с описанием эффектов каждого аллеля (risk/protective)
Шаг 2: Поиск в геноме

Используй Grep для поиска найденных rsID в VCF файле (путь из Шага 0):

  • pattern: rs123456|rs789012|rs... (объединить через |)
  • path: путь к VCF файлу из Шага 0
  • output_mode: "content"
Шаг 3: Интерпретация генотипов

Расшифруй генотипы из VCF:

  • 0/0 = гомозигота по референсу (REF/REF)
  • 0/1 = гетерозигота (REF/ALT)
  • 1/1 = гомозигота по альтернативе (ALT/ALT)

Сопоставь генотип с информацией об аллелях из Шага 1.

Формат ответа

ВАЖНО: Отчёт должен быть визуально привлекательным, структурированным и понятным. Используй эмодзи, таблицы, выделение текста.

Шаблон отчёта:
## [Эмодзи] [Тема анализа]

### Основные результаты

| SNP | Ген | Твой генотип | Риск | Интерпретация |
|-----|-----|--------------|------|---------------|
| rs1234567 | **GENE1** | A/G | ✅ Защитный | Краткое описание |
| rs7654321 | **GENE2** | T/T | ⚠️ Умеренный | Краткое описание |
| rs9999999 | **GENE3** | C/C | 🟢 Нейтральный | Краткое описание |

---

### 📊 Что это значит

**Твой профиль: [краткая характеристика в 3-5 слов]**

**Сильные стороны:**
- [Пункт 1 с объяснением]
- [Пункт 2 с объяснением]

**Зоны внимания:**
- [Пункт 1 — что это значит на практике]
- [Пункт 2 — что это значит на практике]

---

### 🎯 Практические рекомендации

1. **[Рекомендация 1]** — почему это важно с твоей генетикой
2. **[Рекомендация 2]** — конкретный совет
3. **[Рекомендация 3]** — что делать/не делать

---

### 📈 Итоговая оценка

| Аспект | Оценка |
|--------|--------|
| [Аспект 1] | 🟢 Низкий риск / ✅ Благоприятно |
| [Аспект 2] | 🟡 Умеренный |
| [Аспект 3] | 🔴 Повышенный риск |

---

### ⚠️ Дисклеймер

Генетика — это вероятности, не судьба. Окружающая среда, образ жизни и привычки часто важнее генов. Это информационный анализ, не медицинская консультация.

**Источники:** [SNPedia](https://snpedia.com), [GWAS Catalog](https://www.ebi.ac.uk/gwas/)

Эмодзи для оформления

Заголовки по темам:

  • 🏃 Спорт/фитнес
  • ⚖️ Вес/ожирение
  • 🧠 Зависимости/психика
  • ☕ Кофеин
  • 🍷 Алкоголь
  • 🥛 Питание/непереносимости
  • 💊 Лекарства
  • ❤️ Сердце/сосуды
  • 🧬 Общая генетика

Уровни риска в таблицах:

  • ✅ Защитный/благоприятный
  • 🟢 Нейтральный/стандартный
  • 🟡 Умеренный риск
  • ⚠️ Повышенное внимание
  • 🔴 Высокий риск

Стиль написания

  • Пиши простым языком, избегай научного жаргона
  • Объясняй что означает каждый генотип НА ПРАКТИКЕ
  • Давай конкретные, actionable рекомендации
  • Используй жирный текст для выделения важного
  • Разбивай текст на короткие абзацы
  • Добавляй горизонтальные разделители --- между секциями
  • В таблицах используй эмодзи для визуального восприятия

评论

支持 Markdown