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jinko-calibration-subsampling

jinko-calibration-subsampling

github.com/novainsilico数据与数据库4158 次安装1 周前更新
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关于 jinko-calibration-subsampling

jinko-calibration-subsampling 是使用 Jinkō SDK 从已完成试验的模拟 Vpop 中筛选患者、生成较小 Vpop 的技能。它提供设计诊断、目标设置和生成流程;不校准模型,也不创建新患者。

主要功能

  1. 01从已完成试验筛选患者
  2. 02按人口级目标创建抽样设计
  3. 03检查设计诊断后生成 Vpop
  4. 04检查生成结果并复用兼容设计

适用场景

  1. 01从试验模拟结果生成较小 Vpop
  2. 02按标量分布或人口目标设置筛选设计
  3. 03排查诊断错误并查看生成的 Vpop

安装

复制下面的命令,在终端中运行。

$npx skills add https://github.com/novainsilico/jinko-skills --skill jinko-calibration-subsampling

安装后在 Claude Code 中输入/jinko-calibration-subsampling确认已加载。

包含的文件

除 SKILL.md 外,安装时一起下载的参考资料和脚本。

agents/
openai.yaml
evals/
evals.json
references/
creating-and-editing.md
generation-and-diagnostics.md
inspection.md
scalar-discovery-and-estimates.md
scripts.md

详细介绍

Jinkō 子采样 SDK 工作流

UI 文案API 项目项类型SDK 入口点
子采样设计SubsamplingDesigntrial.create_subsampling_design(...)、client.get_subsampling_design(...)
子采样 VpopVpopdesign.generate_vpop(...)

子采样会从已完成 Trial 中模拟的 Vpop 选择患者,生成一个派生的、更小的 Vpop,使所选人群尽可能符合指定的人群层级目标。 它既不会校准模型,也不会创建新患者。 使用 jinko-trial 创建、检查合理性并运行源 Trial,使用 jinko-vpop 检查生成的 Vpop。 科学层面的选择应由工作流或领域专家决定,而非此技能。

前提条件: 此技能需要已初始化的 jinko-sdk 连接,并且 SDK 版本符合其 metadata.requires_sdk 范围。请运行 jinko-sdk-setup 技能 (../jinko-sdk-setup/SKILL.md),并仅在检查通过后继续。会话代码只能兑换一次,因此请在此技能自己的 SDK 进程启动前再次调用 get_session_code。如果未找到该技能,请从 novainsilico/jinko-skills 安装。

标准流程

  1. 获取 Trial,要求 trial.status()["status"] == "completed",然后检查 trial.descriptors.scalars 和 trial.descriptors.categoricals;描述符 ID 和实验组必须取自此 Trial,不要根据显示标签猜测。
  2. 通过 trial.create_subsampling_design(...) 使用筛选条件和人群目标创建 SubsamplingDesign。
  3. 读取 design.diagnostics;存在错误时不要生成。 使用 design.diagnostics.errors().explain() 将错误与相应目标或筛选条件及其源 Trial 描述符关联起来。
  4. 调用 design.generate_vpop(...) 并提供所有模拟退火选项。 返回的 Vpop 不可变。
  5. 通过 design.generated_vpops.list_with_details() 检查生成的制品。 使用前,可通过 design.set_trial(other_trial) 将兼容的设计用于其他 Trial,或编辑其类型化组件,例如 design.marginals。

标量发现与候选估计值

选择 Trial 标量或使用平台拟合的分布估计值前,请阅读 references/scalar-discovery-and-estimates.md。该文档区分描述符发现、每位患者的取值和候选目标形式,但不会替用户做出科学选择。

有关完整的 Python 流程及生成选项的含义,请阅读 references/generation-and-diagnostics.md。

类型化目标与编辑

  • 数值筛选条件:使用 scalar.gte(18) 等描述符构建器,或在创建后使用 design.numeric_filters.create_gte(...)。
  • 标量目标:使用 scalar.normal(...)、.uniform(...)、.weibull(...),以及 design.marginals.create_* / 持久化句柄 setter。
  • SDK 还支持其他目标接口:design.categorical_filters、.categoricals、.correlations、.survivals、.summary_statistics 和 .observables。 使用前请阅读 references/creating-and-editing.md。
  • 较早的 UI 指南称不支持分类约束,而当前 SDK 提供类型化分类构建器和服务。 请将支持情况视为取决于后端和版本:创建设计,并要求诊断无错误后再生成。

仅在需要高级的完整切片替换时使用 design.edit(...)。 优先使用类型化子服务,以保留不可变 ID 和现有内容。 仅当描述符/实验组配对仍兼容时,才能将设计指向另一个 Trial;请使用 design.set_trial(...),并再次验证诊断结果。

项目文件夹规范

建议使用 YYYY-MM-DD-<experiment> 文件夹,并通过 client.get_folder_by_name(name, exact_match_only=True) 重用名称完全匹配的文件夹。 只有在获得确认后,或脚本收到 --apply 时,才创建文件夹和远程项目项。

SDK 脚本

SDK 安装后,这些脚本会作为控制台脚本出现在 PATH 中,也可以按下方所示通过 python -m 运行。

  • jinko.cli.create_subsampling_design:试运行数值筛选器、正态标量边际分布和观测量的创建;使用 --apply 创建设计。
  • jinko.cli.generate_subsampled_vpop:试运行生成计划;使用 --apply 检查诊断信息并创建 Vpop。
  • jinko.cli.inspect_subsampling_design:打印设计内容、诊断信息、源 Trial,以及生成的 Vpop 选项/适应度,不会进行任何修改。

请阅读 references/scripts.md,查看调用示例。

参考资料导航

  • references/creating-and-editing.md:描述符、构建器、目标类型、类型化编辑,以及兼容的 Trial 复用。
  • references/scalar-discovery-and-estimates.md:输出标量发现、每位患者的标量值,以及平台候选分布律估算。
  • references/generation-and-diagnostics.md:验证、退火选项,以及生成的 Vpop 语义。
  • references/inspection.md:制品列表、存储的选项,以及适应度负载注意事项。
  • references/scripts.md:捆绑脚本的调用示例。

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