jinko-task-export-to-matlab

Jinkō 到 MATLAB / SimBiology

**前置条件：**此技能需要已初始化的 jinko-sdk 连接，并且 SDK 满足其 metadata.requires_sdk 范围。运行 jinko-sdk-setup 技能（../jinko-sdk-setup/SKILL.md），并仅在检查通过后继续。会话代码只能兑换一次，因此请在启动此技能自己的 SDK 进程前再次调用 get_session_code。如果找不到该技能，请从 novainsilico/jinko-skills 安装。

引导工作流，但确定性的文件处理和比较计算请使用 scripts/jinko_matlab_parity.py。此辅助脚本是实现细节：不要将其介绍为用户必须学习的 CLI，也不要要求用户复现其命令。这样可以避免重复编写临时代码，并为科学结果保留上下文。

MATLAB MCP 能力检查关卡

启动 MATLAB、运行 MATLAB 代码，或声称 MATLAB/SimBiology MCP 服务不可用之前，请明确检查完整的可调用工具注册表，确认其中是否包含 MATLAB 或 SimBiology 能力。检查可延迟发现的工具；不要仅凭初始工具摘要推断 MCP 不存在。在提供 ALL_TOOLS 的环境中，请查询其中的 matlab 或 simbiology；否则，请使用平台的工具发现机制。

• 可调用的 MATLAB 求值或脚本执行 MCP 工具表示该服务可用。说明这一发现，并使用该 MCP 检查、执行 MATLAB 操作及获取结果。
• 只有在完整能力检查未发现合适的 MATLAB MCP 操作后，才能使用本地 MATLAB CLI。简要记录此回退方式，以便用户区分 MCP 支持的运行和本地运行。
• 如果发现结果含糊不清，请勿继续：先查明情况，再选择执行路径。此关卡可防止绕过不可见或延迟加载的 MCP 服务。

从模型入手，而非输出

1. 完成 MATLAB MCP 能力检查关卡。若服务可用，请使用它；未经用户指示，不要安装或重新配置服务。
2. 只询问 CM 短 ID（提供 Jinkō CM 链接也可以；请提取其中的 ID）。先导出，再询问要比较哪些输出。
3. 创建专用运行目录，例如 /tmp/jinko-to-matlab/<cm-sid>/，并在该目录中调用辅助脚本的 export 命令。它会安全地提取压缩包，要求其中恰好包含一个工作簿及与之匹配的 SimulationSettings_<model_name>.yaml，验证设置，并写入带内容哈希的 parity-manifest.json。

成功访问、导出或验证清单后，不要再次要求确认。简要告知生成的工作簿和设置文件路径。 默认情况下，辅助脚本会保留现有清单和结果文件。若要有意重新运行，请先检查现有文件，再使用 --overwrite。

复用已导入的项目

在请求任何 Model Builder 操作前，先读取清单中的 reuse.workbook_unchanged。

• 如果存在可发现的已保存 .sbproj，且工作簿未更改，请复用该项目。每次比较都应用当前导出的设置；仅更新设置无需重新导入。
• 如果不存在已保存项目、工作簿已更改，或发现多个候选项目，请提出一个简洁的问题。对于项目已更改或缺失的情况，请指引用户新建一个空白 Model Builder 模型，删除其默认的 unnamed compartment，然后使用 Home → Model → Import Model Components from Excel。请用户将项目保存在运行目录中。删除该占位项可避免将额外的 compartment 一并带入导入的模型。这是唯一必须的手动步骤：SimBiology 有文档说明的 SBML/项目导入方式，但没有 Excel 组件导入 API。
• 绝不要覆盖提供的 .sbproj。将其载入 MATLAB，并仅在内存中为当前比较修改配置和剂量。

提供单一比较选项

使用辅助工具的 list-series 命令获取静态时间依赖 ID。 将它们显示为符合条件的输出，并请用户选择一到十个。不要将 Time 包含在该列表中，也不要将其计入数量限制。不要静默选择、 重命名或替换组件。

用户选择输出后，调用辅助工具的 solve 命令。它会发送 准确的 Jinkō 负载 ['Time', *selected_ids]；Time 区分大小写，且除非请求，否则不会返回。 将导出的 parity-manifest.json 传递给 该命令，并要求响应中包含每个请求的序列和 Time。辅助工具 会将 Jinkō 返回的秒转换为导出的 TimeUnits，并写入 matlab_output_times；将这些值用作 MATLAB 的 OutputTimes，绝不要推导出均匀网格，也不要将原始 Jinkō 秒数传递给配置不同的 MATLAB 模型。

使用导出的配置运行 MATLAB

加载已保存的项目，解析请求的模型（仅当项目包含多个模型时才询问），并使用其活动配置集。应用清单中的：

当能力检查发现 MATLAB MCP 服务时，请在现有 MATLAB 会话中使用该 MCP 执行这些操作。不要用本地 CLI 运行替代它。

configset.CompileOptions.DefaultSpeciesDimension = settings.CompileOptions.DefaultSpeciesDimension;
configset.CompileOptions.DimensionalAnalysis = settings.CompileOptions.DimensionalAnalysis;
configset.CompileOptions.UnitConversion = settings.CompileOptions.UnitConversion;
configset.SolverOptions.AbsoluteTolerance = settings.SolverOptions.AbsoluteTolerance;
configset.SolverOptions.RelativeTolerance = settings.SolverOptions.RelativeTolerance;
configset.SolverType = settings.SolverType;
configset.TimeUnits = settings.TimeUnits;
configset.StopTime = settings.StopTime;
configset.SolverOptions.OutputTimes = matlabOutputTimes;

仿真前，检查模型剂量。如果有任何剂量未激活，请告知用户其名称，并询问是否要在本次内存中的奇偶校验运行中激活它们、保留其已保存状态，或停止。不要持久化此选择。运行 sbiosimulate，仅收集所选序列及其单位，并写入精简的 MATLAB 结果 JSON：

{
  "dose_decision": "activate inactive doses for this run",
  "time": { "unit": "second", "values": [0, 3600] },
  "series": [{ "id": "Tumor", "unit": "mole", "values": [1, 2] }]
}

time.unit 必须反映 MATLAB 输出时间单位；每个序列 ID 必须与所选 Jinkō ID 完全一致。组件缺失或单位转换不受支持属于映射失败，不能以猜测代替。

比较并报告

使用 Jinkō 和 MATLAB JSON 文件调用辅助工具的 compare 命令。该命令：

• 使用阿伏伽德罗常数转换兼容的 mole/substance_count 值；
• 在对齐前转换常见时间单位；
• 对逐点匹配保留每个重复 Jinkō 时间戳处的最终值（事件后的状态），随后在唯一递增的时间点上积分；
• 使用 abs <= 1e-8 + 1e-6 * abs(jinko) 作为诊断指标，报告逐点最大绝对/相对误差和不匹配数量；
• 计算 Jinkō 和 MATLAB 的梯形积分 AUC，并将相对 AUC 误差超过 1% 标记为 WARN。如果参考 AUC 为零，则报告绝对 AUC 误差，并将 AUC 状态设为 N/A；如果任何所选序列的参考 AUC 为零，则总体状态也为 N/A，绝不能无条件报告 PASS。

将 comparison.md 作为精简结果表呈现。以 AUC 状态作为主要结果；说明逐点不匹配可能反映求解器/事件时间差异。保留 comparison.json 和 comparison.csv 作为运行产物，其中包括单位、转换、所选输出和重复时间处理策略。

故障处理

• 如果缺少设置、输出 ID 或时间对齐信息，请停止并指出具体的前置条件。不要使用推断值继续。
• 要求单位明确且兼容，时间序列值为有限数值。缺少单位、NaN 或无穷大都意味着比较输入失败，而非一致。
• 将选择限制为一到十个请求输出。内部必须包含 Time。
• 不要编辑 Jinkō 模型、其求解选项或源项目。
• 如果没有 MATLAB MCP，请提供适用于当前项目的最少命令，并且仅请求辅助工具所需的 MATLAB 结果 JSON；不要创建新的持久化用户工作流。