pacsomatic

pacsomatic

概述

此技能为 nf-core/pacsomatic 提供可复现的执行工作流，核心是一个统一的辅助入口，用于处理验证、生成产物和可选执行。

主要入口：

• scripts/run_pacsomatic.py

辅助脚本会：

• 验证必需标识符、文件、参考模式和运行时前提条件
• 写入兼容 pacsomatic 的样本表（patient,sample,status,bam,pbi）
• 生成 params YAML 和启动脚本，以便可复现地重新运行
• 支持试运行验证，以及运行/提交执行路径

将此技能用作 pacsomatic 操作的默认路径。除非用户明确要求手动构造命令，否则不要绕过此技能，手动组装 nextflow run nf-core/pacsomatic 命令。

何时使用此技能

用户提出以下请求时，请调用此技能：

• 使用 BAM 文件运行肿瘤-正常配对分析
• 生成或修复 pacsomatic 样本表和启动产物
• 在本地执行或提交到调度器（LSF/Slurm/PBS/SGE）
• 执行试运行验证后再运行
• 排查启动失败问题或汇总运行输出

以下情况请勿使用此技能：

• 超出运行级别合理性检查范围的深入生物学解读
• 除非用户明确要求，否则不要编辑流水线内部代码

典型触发语句：

• “为这个肿瘤-正常配对运行 nf-core/pacsomatic”
• “准备 pacsomatic 样本表和启动脚本”
• “先做一次试运行，并告诉我缺少什么”
• “将 pacsomatic 提交到 slurm/lsf，并返回作业 ID”
• “pacsomatic 为什么提交失败了”

路由和执行规则

1. 始终先收集所需的运行输入。
2. 始终通过 scripts/run_pacsomatic.py 进行验证和产物生成。
3. 用户仅要求检查/验证时，默认使用 --dry-run。
4. 仅当用户要求执行/提交时才使用 --run。
5. 对于调度器模式，加入特定执行器的资源参数，并在可以检测到作业 ID 时返回该 ID。
6. 如果执行失败，请报告首次失败的位置和下一步排查目标（.nextflow.log、pipeline_info、失败任务日志）。

所需输入

必需：

• 肿瘤 BAM 路径
• 正常样本 BAM 路径
• 患者 ID
• 肿瘤样本 ID
• 正常样本 ID
• 输出目录
• 恰好一种参考模式：--fasta 或 --genome

可选：

• 配置文件、资源、调度器账户/队列
• 流水线版本（-r）
• 参数文件、resume/report/dag 标志
• --dry-run 和/或 --run

工作流

1. 验证身份信息和输入约束。
2. 验证所需的本地路径（BAM、可选 PBI、可选 FASTA）。
3. 检查运行时和依赖项。
4. 构建样本表并生成 params YAML。
5. 为所选执行器生成启动脚本。
6. 如果使用 --dry-run 且未使用 --run，则在生成产物后停止。
7. 如果使用 --run，则在本地执行或提交到调度器。
8. 返回命令/脚本路径、验证状态和作业 ID（如果检测到）。

Agent 响应约定

每次调用后，响应都应包含：

• 使用的确切命令或生成的脚本路径
• 确认已运行验证检查
• 运行类型（dry-run 或 run）
• 调度器作业 ID（如果有）
• 一个具体的验证/排查后续步骤

快速开始

试运行：

python scripts/run_pacsomatic.py \
  --tumor-bam /path/to/tumor.bam \
  --normal-bam /path/to/normal.bam \
  --patient-id P001 \
  --tumor-sample-id P001_T \
  --normal-sample-id P001_N \
  --outdir /path/to/output \
  --genome GRCh38 \
  --profile singularity,sanger \
  --dry-run

调度器执行示例（Slurm）：

python scripts/run_pacsomatic.py \
  --tumor-bam /path/to/tumor.bam \
  --normal-bam /path/to/normal.bam \
  --patient-id P001 \
  --tumor-sample-id P001_T \
  --normal-sample-id P001_N \
  --outdir /path/to/output \
  --genome GRCh38 \
  --profile singularity,sanger \
  --executor slurm \
  --queue compute \
  --project my_account \
  --cpus 16 \
  --memory-gb 64 \
  --walltime 48:00 \
  --run

配置

使用 config.yaml 作为配置文件/执行器/运行时默认值的基准。若用户需求不同，请在调用时覆盖。

测试

从技能根目录运行单元测试：

python -m unittest discover -s tests -v

参考资料

• references/agent-playbook.md
• references/config-and-output.md
• references/pacsomatic_guide.md
• scripts/run_pacsomatic.py