project-init

项目初始化工作流

将研究项目初始化为控制根目录，而不只是两个并列的仓库。

当用户想要创建一个新的机器学习研究项目，并希望 Agent 从 <ProjectName>/ 开始工作，同时让 paper/、code/ 和可选的 slides/ 保持为相互独立的组件仓库时，使用此技能。

将此技能与以下技能配合使用：

• 使用 research-project-memory 初始化跨组件记忆
• 使用 init-latex-project 创建论文仓库
• 使用 init-python-project 创建代码仓库
• 使用 research-slide-deck-builder，通过外部 progress-slides 模板创建或维护可选的幻灯片仓库
• 使用 new-workspace 创建代码实验工作树或论文版本工作树
• 当代码在 SSH/HPC 服务上运行时，使用 remote-project-control
• 涉及 GitHub CLI、仓库远程地址或 GitHub Project API 操作时，使用 remote-project-control 或 safe-git-ops
• 执行非简单的 Git 操作前，使用 safe-git-ops

预期项目结构

默认结构：

<ProjectName>/
├── PROJECT.md
├── AGENTS.md
├── CLAUDE.md
├── memory/
│   ├── project.yaml
│   ├── component-index.yaml
│   ├── current-status.md
│   ├── decision-log.md
│   ├── claim-board.md
│   ├── evidence-board.md
│   ├── provenance-board.md
│   ├── risk-board.md
│   ├── action-board.md
│   ├── handoff-board.md
│   ├── phase-dashboard.md
│   └── source-visibility-board.md
├── paper/                 # independent LaTeX git repo
├── code/                  # independent Python/ML git repo
├── code-worktrees/         # sibling worktree root for code repo branches
├── paper-worktrees/        # sibling worktree root for paper venue/arXiv/camera-ready versions
├── .uv-envs/               # ignored shared uv environments for code repo/worktrees
├── reference/             # project-local sources, cards, processing state, and project-use notes
├── slides/                # optional independent git repo
├── reviewer/              # reviewer simulation state
├── rebuttal/              # real review and response state
├── artifact/              # artifact-evaluation and release handoff state
└── docs/
    ├── overview.md
    ├── designs/
    ├── experiments/
    ├── updates/
    ├── audits/
    └── timelines/

此结构是项目结构示意图的文本权威来源，该示意图维护在仓库 README 和 asset/project-anatomy.png 中。如果布局发生变化，请同步更新技能文本和可视化文档。

默认不要创建顶层 experiments/ 目录。实验执行、运行摘要、结果报告和原始产物指针应放在 code/ 或相关代码工作树中。

根目录下的 docs/ 仍然很有用，但它用于存放项目级文档，不能替代代码侧证据。可用它存放分阶段的方法设计、跨组件实验计划、项目概述、审计、时间线，以及用于协调 paper/、code/、slides/、评审、rebuttal 和产物工作的交接文档。

推荐的代码侧证据路径：

code/docs/results/         # stable result summaries, table notes, figure notes
code/docs/reports/         # experiment-report-writer outputs
code/docs/runs/            # run registry, job pointers, config and commit pointers

核心原则

• <ProjectName>/ 是 Agent 控制根目录。
• paper/、code/ 和 slides/ 是组件仓库，而非普通文件夹。
• code 组件负责算法实现、实验执行、运行记录、结果报告、服务器执行状态和代码工作树。
• 默认情况下，代码工作树不应嵌套在 code/ 中。请使用同级根目录 code-worktrees/，以免 Git、IDE、搜索工具和 Agent 将工作树误认为普通源文件。
• 默认情况下，同一项目下的代码工作树应共用一个代码 uv 环境，例如 <ProjectName>/.uv-envs/code，通过绝对路径设置 UV_PROJECT_ENVIRONMENT，并在当前活动工作树中调用 uv run。只有在依赖、Python/CUDA 技术栈、破坏性软件包测试或实际并发同步风险需要时，才创建独立的阶段环境。
• paper 组件负责论文源文件、会议模板、投稿模式、arXiv/公开源清理、终稿修订和论文工作树。
• reference 组件负责项目本地资料（论文、合作者文档、笔记、规格说明、脚本、资料包）、来源卡片、处理状态、项目使用说明和资料到项目的交接。
• 默认情况下，论文工作树不应嵌套在 paper/ 中。请使用同级根目录 paper-worktrees/，用于会议改投、arXiv 发布、rebuttal 论文修改和终稿分支。
• 论文源文件的可见性独立于会议。如果 paper/main 与 Overleaf 关联或对合作者可见，请将其视为 author-visible，而非私有；不要将 Agent 私有文件放入该分支。
• 项目记忆用于存储跨组件的持久状态；根目录 docs/ 用于存放项目级设计和规划资料；代码文档用于存放代码侧的实现、运行和结果详情。
• 根 Git 仓库是可选的。如果启用，除非用户明确希望使用子模块，否则不要误将嵌套的组件仓库提交进去。
• GitHub Project 是可选的云端协作工具。它用于跨组件仓库跟踪面向合作者的问题、PR、阻碍事项和路线图视图；不能取代根目录 memory/、组件 .agent/ 或仓库原生的证据文档。
• 工具链检查门槛是明确的项目策略。代码、论文、Git/GitHub、远程执行、发布和制品工作流应记录其检查命令、修改规则和时效预期，而非依赖临时的 Agent 记忆。

步骤 1 - 收集项目信息

在一条消息中询问以下信息：

1. 项目名称和父目录。
2. 研究摘要：方法构想、目标问题、数据集、基线、指标和当前成熟度。
3. 已知的目标会议或里程碑。
4. 组件选择：
   • 论文仓库：新建、连接现有仓库，或暂时跳过
   • 代码仓库：新建、连接现有仓库，或暂时跳过
   • 幻灯片仓库：新建、连接现有仓库，或跳过
   • 参考文献库：创建 reference/、连接现有 PDF/源文件目录、连接初始资料包，或跳过
   • 审稿人／回复审稿意见／制品状态目录：现在创建或稍后创建
5. Git 策略：
   • 根控制平面 Git 仓库：是／否
   • 论文／代码／幻灯片的组件远程仓库（如有）
   • 组件仓库应作为子模块，还是由根 Git 忽略
   • 是否现在创建 GitHub/GitLab 仓库；如果是，gh auth status 是否有效
   • 是否为此研究项目创建或关联一个 GitHub Project 看板
   • 是否启用默认工具链门禁：
     • 代码：uv、ruff、mypy、pytest、pre-commit
     • 论文：tex-fmt、submit-paper、Overleaf/GitHub 编译证据
     • 协调：git、gh、GitHub Project/PR 检查
     • 可选的规范检查：gitleaks、shellcheck、shfmt、actionlint、nbstripout、taplo、yamllint、lychee
6. Worktree 策略：
   • 默认同级根目录：<ProjectName>/code-worktrees/
   • 默认论文同级根目录：<ProjectName>/paper-worktrees/
   • 共享代码 uv 环境路径：默认为 <ProjectName>/.uv-envs/code
   • 服务端 worktree 根目录（如有不同）
   • 分支命名约定（如有）
   • 论文源文件可见性策略：
     • paper/main 是否链接到 Overleaf/GitHub
     • paper/main 是 author-visible 还是 agent-private
     • .agent/、AGENTS/CLAUDE 指引、原始 CSV、绘图脚本和内部结果文档应放在哪里

在收到用户答复之前，请勿创建文件。

步骤 2 - 创建控制根目录

创建：

<parent-dir>/<ProjectName>/
├── memory/
├── docs/overview.md
├── docs/designs/
├── docs/experiments/
├── docs/updates/
├── docs/audits/
├── docs/timelines/
├── reference/.agent/runs/
├── reference/sources/
├── reference/cards/
├── reference/project-use/
├── reference/notes/
├── reference/summaries/
├── reviewer/.agent/
├── rebuttal/.agent/
├── artifact/.agent/
├── .uv-envs/
├── code-worktrees/
└── paper-worktrees/

仅当用户希望现在添加幻灯片组件时，才创建可选的 slides/。

如果启用了根 Git，请在 <ProjectName>/ 初始化 Git，并添加根 .gitignore，忽略组件仓库和 worktree，除非用户明确要求使用子模块：

/paper/
/code/
/slides/
/.uv-envs/
/code-worktrees/
/paper-worktrees/

如果用户希望使用子模块，请有意使用子模块命令，不要依赖意外的嵌套 Git 行为。

如果用户希望在设置期间创建 GitHub/GitLab 仓库，请先检查托管平台 CLI 的身份验证状态，例如运行 gh auth status。如果身份验证失败，请完成本地工作区设置，并将创建 Git 远程仓库记录为阻塞项；不要让仓库创建失败掩盖项目初始化结果。

如果用户希望使用 GitHub Project 看板：

1. 将该看板视为一个研究项目跨多个仓库进行云端协调的可选工具。
2. 执行 gh project ... 命令前，检查 gh auth status；如果令牌缺少 project 权限范围，请让用户批准，或运行 gh auth refresh -s project。
3. 如果 Agent 运行环境无法从沙盒访问 macOS 钥匙串或 GitHub API，请将 GitHub Project 设置记录为阻塞项，而不要反复要求用户登录。
4. 只有在所有者明确后，才创建或关联项目：用户账户（例如 @me / a-green-hand-jack）或组织。
5. 适当时将组件仓库关联到看板，但保持根仓库和组件仓库的远程仓库相互独立。

实用 CLI 模式：

gh project create --owner <owner> --title "<ProjectName>"
gh project view <number> --owner <owner>
gh project link <number> --owner <owner> --repo <owner>/<repo>

建议字段：

• Component：root、code、paper、slides、reviewer、rebuttal、artifact
• Workstream：method、experiment、writing、review、release、infra
• Status：Backlog、Ready、In Progress、Blocked、Review、Done、Parked
• Priority：P0、P1、P2、P3
• Target：venue、milestone、deadline、arXiv、camera-ready
• Claim ID、Evidence ID、Worktree、Blocker

建议视图：Roadmap、Board、Experiments、Paper、Risks 和 Worktrees。

步骤 3 - 初始化项目记忆

使用 research-project-memory 模板或同等文件来创建：

• memory/project.yaml
• memory/component-index.yaml
• memory/current-status.md
• memory/decision-log.md
• memory/claim-board.md
• memory/evidence-board.md
• memory/provenance-board.md
• memory/risk-board.md
• memory/action-board.md
• memory/handoff-board.md
• memory/phase-dashboard.md
• memory/source-visibility-board.md

组件索引应记录：

components:
  code:
    path: code
    worktree_root: code-worktrees
    worktree_index_path: code/.agent/worktree-index.md
    shared_uv_environment: .uv-envs/code
    owns:
      - algorithm implementation
      - experiment execution
      - code-side result reports
      - server execution state
  paper:
    path: paper
    worktree_root: paper-worktrees
    worktree_index_path: paper/.agent/worktree-index.md
    default_visibility_tier: author-visible
    source_visibility_board: memory/source-visibility-board.md
    owns:
      - paper claims and narrative
      - figures and tables selected for submission
      - venue/arXiv/camera-ready versions
      - source visibility and cleanup policy
  slides:
    path: slides
    status: optional
  reviewer:
    path: reviewer
  rebuttal:
    path: rebuttal
  artifact:
    path: artifact

根目录记忆应存储指向代码侧证据的引用，而不是重复详细的运行日志。

在 memory/project.yaml 中记录默认工具链门禁：

toolchain_gates:
  policy: check-before-mutate
  code:
    environment_check: "UV_PROJECT_ENVIRONMENT=<absolute-project-root>/.uv-envs/code uv sync"
    format_check: "UV_PROJECT_ENVIRONMENT=<absolute-project-root>/.uv-envs/code uv run ruff format --check src tests experiments scripts"
    lint_check: "UV_PROJECT_ENVIRONMENT=<absolute-project-root>/.uv-envs/code uv run ruff check src tests experiments scripts"
    type_check: "UV_PROJECT_ENVIRONMENT=<absolute-project-root>/.uv-envs/code uv run mypy src"
    test_check: "UV_PROJECT_ENVIRONMENT=<absolute-project-root>/.uv-envs/code uv run pytest tests -v"
    local_gate_runner: "UV_PROJECT_ENVIRONMENT=<absolute-project-root>/.uv-envs/code uv run pre-commit run --all-files"
    mutate_only_when_requested:
      - "UV_PROJECT_ENVIRONMENT=<absolute-project-root>/.uv-envs/code uv run ruff format src tests experiments scripts"
      - "UV_PROJECT_ENVIRONMENT=<absolute-project-root>/.uv-envs/code uv run ruff check --fix src tests experiments scripts"
  optional_hygiene:
    secret_scan: "gitleaks dir --no-banner --redact ."
    shell_lint: "shellcheck jobs/*.sh scripts/*.sh"
    shell_format_check: "shfmt -d jobs scripts"
    notebook_output_check: "nbstripout --dry-run notebooks/*.ipynb"
    github_actions_lint: "actionlint .github/workflows/*.yml"
    toml_format_check: "taplo fmt --check pyproject.toml"
    yaml_lint: "yamllint ."
    link_check: "lychee --no-progress README.md docs/**/*.md"
  paper:
    source_format_check: "tex-fmt --check --nowrap --recursive ."
    submission_check: "bash <submit-paper-skill-dir>/scripts/check.sh \"$PAPER_DIR\""
    compile_truth: "Overleaf/GitHub or local LaTeX compile log"
    mutate_only_when_requested:
      - "tex-fmt --nowrap --recursive ."
  coordination:
    git_status_check: "git status --short --branch"
    whitespace_check: "git diff --check"
    github_auth_check: "gh auth status"
    github_pr_check: "gh pr checks"

连接现有代码仓库时，保留现有的组件专用工具。例如，如果代码仓库已使用 black、isort、pyright、pre-commit、gitleaks、shellcheck、shfmt、actionlint、nbstripout 或 CI 专用命令，请记录这些实际命令，而不是强制采用默认脚手架策略。对于非 ML 仓库，如果 experiments 或 scripts 等默认路径不存在，则将其省略。

如果存在 GitHub Project 看板，请在 memory/project.yaml 中记录：

github_project:
  enabled: true
  owner: <github-user-or-org>
  title: <ProjectName>
  number: <project-number>
  url: <project-url>
  sync_policy: issue-pr-links
  scope_required: project

如果看板存在，但 Agent 不应管理它，请使用 sync_policy: none。除非用户明确希望这些内容在 GitHub 中可见，否则不要将私有研究理由或未公开的论文审查风险同步到 GitHub 字段中。

第 4 步 - 创建根目录级 Agent 指南

编写两个根目录 Agent 入口文件：

• <ProjectName>/AGENTS.md，供 Codex 和通用 Agent 指南使用
• <ProjectName>/CLAUDE.md，用于兼容 Claude Code

两者在语义上应保持一致。建议使用镜像内容，或在简短的 CLAUDE.md 中告知 Claude Code 遵循 AGENTS.md，将其作为规范的项目控制根策略。

根目录指南必须说明：

• 除非任务明确限定在某个组件内，否则 Agent 应从 <ProjectName>/ 开始工作
• 检查组件仓库和执行仓库本地命令时，使用 git -C code ...、git -C paper ... 和 git -C slides ...
• 完成预检后，例行推送最终分支时，使用 project-push <repo> <remote> <branch>，而不是原始的 git push、git -C <repo> push、cd <repo> && git push 或 shell 包装的推送命令
• 默认将代码工作树放在 code-worktrees/ 下
• 对于不同投稿场合、arXiv 和最终出版版本，默认将论文工作树放在 paper-worktrees/ 下
• 论文源文件的可见性级别为 agent-private、author-visible、anonymous-submission、public-preprint、camera-ready-public 和 publisher-artifact
• 如果 paper/main 通过 GitHub 与 Overleaf 同步，则其可见性级别为 author-visible；不要将 .agent/、AGENTS.md、CLAUDE.md、原始 CSV、内部结果文档、绘图脚本、审稿策略或私有路径放入此可见源文件中
• 如果已安装 tex-fmt，论文格式检查使用 tex-fmt --check --nowrap --recursive .；仅在明确要求格式化时才运行 tex-fmt --nowrap --recursive .，并在推送或投稿前检查差异
• 代码检查使用 uv sync、uv run ruff format --check、uv run ruff check、uv run mypy src、uv run pytest tests -v 和 uv run pre-commit run --all-files，并将 UV_PROJECT_ENVIRONMENT 指向共享的项目代码环境，除非代码仓库说明了其他现有方案
• 如果存在相关文件和工具，可选的卫生检查包括 gitleaks、shellcheck、shfmt、actionlint、nbstripout、taplo、yamllint 和 lychee
• ruff format、ruff check --fix、shfmt -w、不带 --dry-run 的 nbstripout 以及 tex-fmt 格式化模式等会修改内容的格式化或修复命令，必须获得明确请求或符合已记录的项目策略，并在之后检查差异
• 根目录 docs/ 用于存放项目级概览、分阶段方法设计、跨组件实验计划、审计、时间线和交接文档
• code/docs/ 用于存放代码侧结果摘要、运行记录、实现报告和服务端执行说明
• 实验结果存放在 code/docs/results/、code/docs/reports/、code/docs/runs/，或代码工作树中的相同路径下
• 原始输出、日志、检查点以及 wandb/tensorboard 缓存不属于项目根目录内容
• 论文版本说明存放在相应论文工作树的 .agent/worktree-status.md 中；需要长期保留的决策存放在根目录 memory/ 中
• 跨工作树汇总记录存放在 code/.agent/worktree-index.md、paper/.agent/worktree-index.md 和根目录 memory/component-index.yaml 中
• 配置了 GitHub Project 时，将其用作面向协作者的看板，展示问题、PR、阻塞项、目标和路线图视图；根目录 memory/ 仍用于存放长期研究记忆
• 发布 arXiv 或公开源文件的论文工作树必须在发布源文件前移除 TODO、内部注释、隐藏的图表描述、审稿回复备注和作者注释宏
• 即使论文尚未公开，面向作者的 Overleaf 分支也不得包含仅供 Agent 使用的私有文件
• 匿名会议论文工作树必须遵守投稿场合的匿名和格式要求
• 项目记忆中应保存长期有效的主张、证据、来源信息、风险、行动和交接摘要
• 项目记忆应跟踪主张生命周期、证据来源信息、跨模块交接和阶段仪表盘状态
• 在代码变更期间使用 update-docs，不要只在发布时使用
• 对稳定的代码、论文、制品或根目录里程碑使用 add-git-tag

第 5 步 - 初始化或连接组件仓库

论文

如果要创建新的论文仓库，请在以下位置使用 init-latex-project：

<ProjectName>/paper/

如果要连接现有论文仓库，请克隆仓库或记录其路径和远程地址。然后，在创建或跟踪 Agent 私有文件之前，检查该仓库是否已关联 Overleaf，或是否对合作者可见。

如果 Agent 将编辑论文，请确保论文工作区同时包含 paper/AGENTS.md 和 paper/CLAUDE.md，但默认将其视为 Agent 私有指南。如果当前分支为 author-visible、anonymous-submission、public-preprint 或 camera-ready-public，请将这些文件保持为未跟踪、忽略状态，或放在 agent-private 工作树中，而不要推送到可见源。确保这些文件遵循相同的论文本地编译、投稿 venue、源文件卫生、图表和记忆规则。

如果有 tex-fmt，请在论文本地指南中将其记录为源格式检查工具。格式状态应与论文工作树／源文件可见性状态一并记录；它不能替代 Overleaf 编译证据。

代码

如果要创建新的代码仓库，请在以下位置使用 init-python-project：

<ProjectName>/code/

对于 ML 项目，请确保代码仓库包含：

code/AGENTS.md
code/CLAUDE.md
code/docs/results/
code/docs/reports/
code/docs/runs/

初始化或连接代码仓库时，请在 code/AGENTS.md、code/CLAUDE.md 和 memory/project.yaml 中记录其工具链门禁。在项目控制根目录布局中，新的代码门禁默认应通过 UV_PROJECT_ENVIRONMENT=<absolute-project-root>/.uv-envs/code 运行，以便 code/ 和 code-worktrees/* 共用同一个依赖环境。只有独立代码仓库或明确选择按工作树使用环境的仓库，才适合直接运行 uv sync。如果现有仓库已配置 CI、pre-commit、black、isort、pyright、gitleaks、shellcheck、shfmt、actionlint、nbstripout 或自定义命令，请保留并记录这些命令。

如果要连接现有代码仓库，不要强行套用完整脚手架。只有在报告缺失项后，才补充缺失的高价值记忆／文档路径。

如果代码仓库克隆自上游项目，不要假设 origin 可写入。请记录 origin 是上游仓库、派生仓库还是新建的项目仓库，并将其与根控制平面仓库的远程地址分开。

幻灯片

如有需要，请创建或连接：

<ProjectName>/slides/

幻灯片可以使用单独的 git 仓库。优先将外部 progress-slides 模板用作幻灯片组件，而不是自行设计本地脚手架：

git clone https://github.com/a-green-hand-jack/progress-slides.git <ProjectName>/slides

克隆后，请先检查 slides/README.md、slides/package.json 和现有幻灯片源文件，再进行编辑。使用 research-slide-deck-builder 处理演示文稿结构、兼容模板的源文件编写、预览／构建命令，以及 slides/.agent/ 中的故事线、受众、源证据和过时证据说明。

将 slides/ 视为多演示文稿工作区。根目录和幻灯片本地的 Agent 指南都应说明，稳定版本的演示文稿存放在 slides/decks/<YYYY-MM-DD>-<audience-or-purpose>-<slug>.md 下；slides/slides.md 仅用于活动／默认演示文稿、暂存文件或模板示例。在 slides/.agent/deck-index.md 中记录演示文稿历史，可在 slides/.agent/decks/<deck-id>.md 中保留可选的单份演示文稿说明，并针对目标演示文稿文件运行 Slidev，例如 npx slidev decks/2026-05-02-advisor-plan.md。

步骤 6 - 确立工作树策略

默认代码策略：

main code repo:       <ProjectName>/code/
code worktree root:   <ProjectName>/code-worktrees/
worktree path:        <ProjectName>/code-worktrees/<branch-type>-<branch-name>/

默认论文策略：

main paper repo:      <ProjectName>/paper/
paper worktree root:  <ProjectName>/paper-worktrees/
worktree path:        <ProjectName>/paper-worktrees/<version-type>-<venue-or-name>/

以下情况使用论文工作树：

• 面向不同会议，且使用不同模板或样式文件
• 主分支位于 Overleaf 或对合作者可见时，进行 Agent 私有起草
• 发布 arXiv 预印本时，LaTeX 源文件可能公开
• 录用后的最终定稿版本
• 仅涉及论文的 rebuttal 编辑，且不应影响主投稿分支

论文版本管理规范：

• Agent 私有版本：可以包含 .agent/、AGENTS.md、CLAUDE.md、写作记忆、来源记录、内部结果文档、CSV 和绘图脚本；不应同步到可见的远程仓库
• 作者可见 / Overleaf 版本：排除 .agent/、AGENTS.md、CLAUDE.md、原始 CSV、内部结果文档、绘图脚本、审稿人策略、私有路径和仅供 Agent 使用的备注
• arXiv / 公开源文件：移除 TODO、TeX 注释中的内部图表说明、审稿人备注、隐藏注释、作者注释宏以及匿名处理遗留内容
• 匿名会议版本：确保匿名、会议模式和格式要求；如果源文件会上传，不要假定源文件注释是安全的
• 最终定稿版本：取消匿名、添加致谢 / 资金来源、履行 rebuttal 承诺，并移除仅供草稿使用的备注

将此记录在：

• memory/project.yaml
• memory/component-index.yaml
• memory/source-visibility-board.md
• <ProjectName>/AGENTS.md
• <ProjectName>/CLAUDE.md
• 涉及服务器执行时，记录在 code/docs/ops/current-status.md

如果执行服务器上只有代码仓库，请在 code/infra/remote-projects.yaml 或 code/docs/ops/current-status.md 中记录服务器专用的工作树根目录。不要假定服务器上有 paper/ 或根项目记忆文件。

步骤 7 - 编写 PROJECT.md

根据 templates/PROJECT.md 创建 <ProjectName>/PROJECT.md。填写 <ProjectName> 和一句话描述，并将 GitHub Project Board 状态设为 none、linked 或 planned。其他所有章节都是稳定的默认内容——仅当项目的组件布局、可见性策略或记忆结构与默认设置不同时才编辑。

步骤 8 - 最终总结

报告：

Project initialized: <ProjectName>
Control root: <path>

Components:
  paper: <created|connected|skipped>
  code: <created|connected|skipped>
  slides: <created|connected|skipped>
  reviewer/rebuttal/artifact state: <created|deferred>
  GitHub Project: <created|linked|deferred|not requested>
  Toolchain gates: <configured|deferred|inherited from existing repos>

Code worktree root:
  <ProjectName>/code-worktrees/
Paper worktree root:
  <ProjectName>/paper-worktrees/

Next skills:
  research-project-memory -> inspect or update project state
  new-workspace -> create a code branch/worktree or paper version worktree
  remote-project-control -> configure SSH/HPC execution for code
  experiment-design-planner -> plan first experiment matrix
  research-slide-deck-builder -> create progress/advisor/lab slides with progress-slides

最终检查

完成前：

• AGENTS.md 和 CLAUDE.md 中均存在根目录 Agent 指引
• Agent 会编辑的组件仓库均包含配对的 AGENTS.md 和 CLAUDE.md
• 根目录记忆文件均已创建，或已明确延期
• paper/、code/ 和 slides/ 的 Git 边界清晰
• 涉及 GitHub / GitLab 设置时，已分别检查根目录和组件的 Git 远程仓库
• 尝试创建仓库前，已检查 gh auth status 或等效托管平台 CLI 的认证状态
• GitHub Project 设置已记录在 memory/project.yaml 和 PROJECT.md 中，或已明确延期并记录为待办事项 / 阻塞项
• 工具链门禁默认设置已记录在 memory/project.yaml 中，或已记录现有组件专用门禁作为继承设置
• 尝试执行 gh project ... 命令前，gh 令牌已具备 project 范围
• 已记录 code-worktrees/ 策略
• 已记录 paper-worktrees/ 策略
• 已记录论文源文件可见性策略，尤其是 paper/main 是否通过 Overleaf / GitHub 对作者可见
• 除非用户明确要求，否则不存在顶层 experiments/ 目录
• 根目录 docs/ 的项目级作用明确，不会与 code/docs/ 混淆
• 代码侧证据路径位于 code/docs/ 中
• 组件远程仓库和根目录 Git 策略不存在歧义