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pubmed-trends

pubmed-trends

github.com/bmiles数据与数据库045 次安装15 周前更新
代码仓库

关于 pubmed-trends

面向研究人员和 Agent 的研究情报 API,可分析 PubMed 与 OpenAlex 的发表动态。通过 x402 使用 USDC 微支付查询趋势、比较主题、查找重点论文并探索新兴研究。

主要功能

  1. 01查询发表数量与年度趋势
  2. 02比较研究主题及增长
  3. 03查找评分论文与研究摘要
  4. 04追踪每周热点和新兴主题
  5. 05探索子主题与作者指标

适用场景

  1. 01查询某主题的论文发表量
  2. 02比较不同研究领域的增长
  3. 03查找指定时间段的重要论文
  4. 04扫描类别以发现上升中的研究主题

安装

复制下面的命令,在终端中运行。

$npx skills add https://github.com/bmiles/pubmed-trends-skill --skill pubmed-trends

安装后在 Claude Code 中输入/pubmed-trends确认已加载。

附带文件.claude/skills/pubmed-trends

详细介绍

PubMed 趋势 API

来自 3,700 多万篇 PubMed 文章的按次付费研究情报。无需 API 密钥或订阅——只需通过 x402 在 Base 上使用 USDC 微支付。

基础 URL: https://pubmed.sekgen.xyz

配套技能: 从 coinbase/agentic-wallet-skills 安装 x402,以使用支付命令。

端点

GET /api/v1/snapshot — $0.01

单年发表数量。适用于快速查询的最实惠选项。

参数必填默认值描述
query是—PubMed 搜索查询
year否当前年份查询年份
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/snapshot?query=CRISPR&year=2025'

返回 count、total_pubmed、proportion(占所有 PubMed 文章的比例)。

GET /api/v1/trends — $0.01

指定时间范围内逐年的发表数量及增长分析。

参数必填默认值描述
query是—PubMed 搜索查询
start_year否当前年份 - 10起始年份
end_year否当前年份结束年份
source否pubmedpubmed 或 openalex
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/trends?query=GLP-1+agonist&start_year=2015'

返回逐年的 count、yoy_growth,以及分析数据:cagr、trend_direction(增长/下降/稳定/新兴)、peak_year、acceleration。

GET /api/v1/compare — $0.02

比较 2–5 个搜索词的发表趋势,找出增长最快的领域并检测交叉点。

参数必填默认值描述
terms是—以逗号分隔的搜索词(2–5 个)
start_year否当前年份 - 10起始年份
end_year否当前年份结束年份
source否pubmedpubmed 或 openalex
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/compare?terms=CAR-T,bispecific+antibodies,antibody+drug+conjugate'

返回各搜索词的序列及 cagr 和 trend_direction,以及 ranking_by_growth 和 crossover_years(某个搜索词超越另一个搜索词的时间)。

GET /api/v1/pulse — $0.02

实时发表动态,提供 7 天/30 天/90 天时间窗口和同比变化。

参数必填默认值描述
query是—PubMed 搜索查询
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/pulse?query=prime+editing'

返回 7 天/30 天/90 天时间窗口的 current 和 year_ago 数量,以及 change(小数形式,例如 0.35 表示同比增长 35%)。

GET /api/v1/keypapers — $0.03

查询指定时间范围内的评分关键论文。论文根据综合评分排序,该评分基于期刊声望、出版物类型、MeSH 相关性和引用影响力(通过 OpenAlex 获取)。

参数必填默认值描述
query是—PubMed 搜索查询
start_year否当前年份 - 5起始年份
end_year否当前年份结束年份
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/keypapers?query=base+editing&start_year=2023&end_year=2025'

返回评分论文及 pmid、title、journal、pub_year、pub_type、score、score_breakdown(top_journal、review_or_trial、mesh_major_topic、multi_strategy_hit、relevance_rank、citation_impact)、cited_by_count、fwci(领域加权引用影响力)、open_access 状态,以及 authors_enriched(姓名、机构、国家)。

GET /api/v1/digest — $0.08

完整研究摘要,整合评分关键论文、MeSH 术语概览和高频作者。这是内容最全面的单次调用端点。

参数必填默认值描述
query是—PubMed 搜索查询
start_year否当前年份 - 5起始年份
end_year否当前年份结束年份
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/digest?query=NF2+schwannomatosis+treatment&start_year=2022&end_year=2025'

返回 /keypapers 的所有内容,以及 mesh_terms(结果集中 MeSH 描述词的数组)和 authors(重复出现的作者及其出现次数)。

GET /api/v1/hottest-weekly — $0.05

按每周激增比(最近 7 天与 30 天平均值相比)对类别中最热门的话题进行排名。使用 category 搜索 PubMed 精选术语(默认),或使用 topic + source=openalex 进行自由文本搜索。

参数必填默认值描述
category是*—参见下方类别
topic是*—自由文本话题(当 source=openalex 时)
source否pubmedpubmed 或 openalex

*根据数据源,必须提供 category 或 topic 之一。

awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/hottest-weekly?category=oncology'
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/hottest-weekly?topic=microbiome&source=openalex'

返回按 spike_ratio 排序的话题。值大于 1.0 表示本周的活跃度高于平常。

GET /api/v1/emerging — $0.05

扫描某个类别,查找发表速度正在加快的话题。使用 category 搜索 PubMed 精选术语(默认),或使用 topic + source=openalex 进行自由文本搜索。

参数必填默认值描述
category是*—参见下方类别
topic是*—自由文本话题(当 source=openalex 时)
source否pubmedpubmed 或 openalex
window_years否3用于评估增长的年数
min_growth_rate否0.3最低 CAGR 阈值(0.3 = 30%)
limit否10结果上限

*根据数据源,必须提供 category 或 topic 之一。

awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/emerging?category=gene+therapy&min_growth_rate=0.5'
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/emerging?topic=CRISPR&source=openalex'

返回达到增长阈值的话题,并按 recent_cagr 排序。

GET /api/v1/trending-subtopics — $0.05

发现某个研究领域中增长最快的子话题。使用 OpenAlex 对多年的话题进行细分。

参数必填默认值描述
query是—要细分的研究领域
window否3时间窗口大小(年,2–5)
limit否10结果上限(1–25)
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/trending-subtopics?query=ulcerative+colitis&window=3'

返回子话题及其 topic_id、topic_name、逐年的 counts、cagr、trend_direction、latest_year_count 和 growth_score。

GET /api/v1/explore — $0.10

发现有趣的研究信号。支持两种模式:

  1. 带 topics 参数 — OpenAlex 多领域扫描:搜索话题,计算 spike_ratio x CAGR,并按 explore_score 排名。
  2. 不带 topics — D1 MeSH 异常检测:根据存储的基线识别 z-score 异常值。
参数必填默认值描述
topics否—要扫描的研究话题,以逗号分隔(最多 4 个)
limit否5结果上限(1–20)
min_z_score否2.0异常模式的最低 z-score(不带 topics 时)
days否7异常模式的回溯天数(1–30,不带 topics 时)
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/explore?topics=neurodegeneration,epigenetics&limit=5'
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/explore'

返回按排名排列的结果,包括 explore_score、spike_ratio、cagr_3y、trend_direction 和 latest_year_count。

GET /api/v1/author — $0.02

由 OpenAlex 提供支持的作者分析档案。返回引用指标、机构隶属关系和发表轨迹。

参数必填默认值描述
name是*—要查询的作者姓名
orcid是*—ORCID 标识符(可替代姓名)

*必须提供 name 或 orcid 之一。

awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/author?name=David+Liu'
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/author?orcid=0000-0001-8277-943X'

返回 name、orcid、works_count、cited_by_count、h_index、i10_index、current_institution(名称、国家/地区)、top_topics、counts_by_year(逐年的 works、cited_by)。

POST /api/v1/feature-request — $0.01

向维护者提交功能请求或数据源建议。唯一的 POST 端点。请发送 JSON 请求体。x402 付款会标记提交者身份——已验证的付款方钱包会被记录为提交者身份,因此无需单独的账户或身份验证。

字段必填默认值说明
title是—简短摘要(1–120 个字符)
description是—完整请求(1–2000 个字符)
category否—可选 endpoint、data、pricing、bug、other 之一
contact否—如果希望收到回复,可填写可选的联系方式(≤200 个字符)
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/feature-request' --method POST --data '{"title":"Add clinical-trial phase breakdown","description":"Return publication counts split by clinical trial phase (I-IV) for a query.","category":"data"}'

返回 ok、id 和 message。验证失败会在结算前返回 400,因此被拒绝的提交不会收费。

类别

由 /hottest-weekly 和 /emerging(PubMed 模式)使用:

  • 肿瘤学 — CAR-T、双特异性抗体、ADC、检查点抑制剂、液体活检、KRAS 抑制剂、PARP 抑制剂、放射性药物、癌症疫苗、空间转录组学
  • 神经科学 — 抗淀粉样蛋白抗体、脑机接口、迷幻药疗法、GLP-1 与神经退行性疾病、反义寡核苷酸、深部脑刺激
  • 免疫学 — mRNA 疫苗、针对自身免疫疾病的 CAR-T、JAK 抑制剂、调节性 T 细胞、微生物组免疫疗法、补体抑制剂
  • 基因疗法 — CRISPR、碱基编辑、先导编辑、AAV 基因疗法、脂质纳米颗粒 mRNA、表观基因组编辑、RNA 干扰
  • 心脏病学 — PCSK9 抑制剂、SGLT2 抑制剂、心脏基因疗法、脂蛋白(a) 抑制剂、AI 心脏成像、可穿戴 ECG

免费端点

这些端点无需付款:

  • GET / — 服务信息和定价
  • GET /health — 健康检查
  • GET /docs — 交互式文档(HTML,或使用 Accept: text/markdown 获取 Markdown)
  • GET /llms.txt — 机器可读文档

示例工作流

快速事实核查($0.01):

“2025 年发表了多少 CRISPR 研究?”

awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/snapshot?query=CRISPR&year=2025'

技术竞赛($0.02):

“碱基编辑是否正在超越传统 CRISPR?”

awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/compare?terms=CRISPR+gene+editing,base+editing,prime+editing&start_year=2018'

每周研究简报($0.10):

“目前肿瘤学和神经科学领域有哪些研究热度正在飙升?”

awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/hottest-weekly?category=oncology'
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/hottest-weekly?category=neuroscience'

药物靶点验证($0.03):

“GLP-1 用于神经退行性疾病的研究真的越来越受关注了吗?”

awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/trends?query=GLP-1+agonist+neurodegeneration&start_year=2018'
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/pulse?query=GLP-1+agonist+neurodegeneration'

深入研究某个疾病领域($0.13):

“NF2 神经鞘瘤治疗有哪些关键论文和子主题?”

awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/keypapers?query=NF2+schwannoma+treatment&start_year=2022&end_year=2025'
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/trending-subtopics?query=neurofibromatosis+type+2&window=3'
awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/pulse?query=NF2+schwannoma+treatment'

完整研究综述($0.08):

“全面概述 NF2 神经鞘瘤病治疗研究”

awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/digest?query=NF2+schwannomatosis+treatment&start_year=2022&end_year=2025'

作者画像($0.02):

“Scott Plotkin 是谁?他的发表记录如何?”

awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/author?name=Scott+Plotkin'

发现模式($0.10):

“神经退行性疾病和表观遗传学领域有哪些有意思的新进展?”

awal x402 pay 'https://pubmed.sekgen.xyz/api/v1/explore?topics=neurodegeneration,epigenetics&limit=5'

错误处理

  • 402 — 需要付款。请确保已通过身份验证(awal auth login),且持有 USDC 余额。
  • 400 — 参数无效。请检查必填字段和约束条件(最长 50 年的时间范围;比较时需提供 2–5 个术语)。
  • 502 — NCBI 上游错误。请稍后重试。
  • 503 — 服务暂时不可用。请稍后重试。

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