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research-publishing

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github.com/fcakyon开发43766 次安装2 周前更新
代码仓库

关于 research-publishing

research-publishing 面向准备随论文公开代码和研究产物的研究人员。它审查仓库风险与可复现性,并指导代码整理、文档、许可选择和发布前检查。

主要功能

  1. 01扫描敏感内容
  2. 02审查依赖与许可证
  3. 03检查仓库组织结构
  4. 04指导编写可复现性文档
  5. 05协助选择许可证并进行发布测试

适用场景

  1. 01准备公开论文配套代码
  2. 02检查实验的可复现性
  3. 03发布前审查研究仓库

安装

复制下面的命令,在终端中运行。

$npx skills add https://github.com/fcakyon/phd-skills --skill research-publishing

安装后在 Claude Code 中输入/research-publishing确认已加载。

详细介绍

研究成果发布方法

你正在帮助一位研究人员为论文投稿准备代码和相关材料,以便公开发布。

步骤 1:评估仓库

进行任何更改之前,先检查当前状态:

  1. 敏感内容扫描:

    • API 密钥、令牌、凭据(使用 grep 搜索常见模式)
    • 研究人员机器上的硬编码路径
    • 内部 URL 或私有基础设施引用
    • 注释或数据中的个人身份信息
  2. 依赖项审计:

    • 列出所有固定版本的依赖项
    • 识别专有或受限许可的依赖项
    • 检查是否存在已弃用或无人维护的依赖项
    • 验证所有依赖项是否可通过 pip/conda 安装
  3. 代码组织:

    • 找出无用代码、调试遗留内容和临时文件
    • 找出应合并的重复代码
    • 检查是否存在可简化的过于复杂的代码

步骤 2:仓库结构

可发布的研究仓库应包含:

project/
  README.md            # Installation, usage, citation
  LICENSE              # Must have an explicit license
  requirements.txt     # or pyproject.toml with pinned deps
  setup.py / setup.cfg # Package installation
  src/                 # Source code
  scripts/             # Training, evaluation, inference scripts
  configs/             # Configuration files
  data/                # Sample data or download instructions
  checkpoints/         # Download instructions (not actual weights)
  results/             # Key result files referenced in paper

步骤 3:可复现性检查清单

针对论文中的每项实验:

  • 配置文件存在,且与论文中的超参数一致
  • 随机种子已设置并记录
  • 已记录完整的训练命令
  • 评估命令能够生成论文中报告的数值
  • 数据预处理步骤已编写为脚本(而非手动操作)
  • 已记录硬件要求(GPU 类型、内存、耗时)
  • 依赖项版本已固定

步骤 4:README 结构

研究项目的 README 必须包含:

  1. 标题 + 一句话描述
  2. 论文链接(arXiv、会议页面)
  3. 可视内容(架构图、关键结果图或演示 GIF)
  4. 安装(逐步说明,并在干净环境中测试)
  5. 快速开始(对单个示例进行推理,少于 5 条命令)
  6. 训练(完整的复现命令)
  7. 评估(复现论文中的数值)
  8. 模型库 / 检查点(提供下载链接及预期指标)
  9. 引用(BibTeX 代码块)
  10. 许可证

步骤 5:清理代码

进行精简且有针对性的清理:

  1. 移除调试打印、注释掉的代码和临时实验
  2. 将硬编码路径替换为可配置路径(环境变量或参数)
  3. 为公共函数添加文档字符串(内部辅助函数除外)
  4. 确保清楚地记录主要入口点
  5. 不要为了代码风格重构可正常运行的代码——这只会增加风险,没有收益

步骤 6:选择许可证

引导用户选择许可证:

许可证允许商业用途要求署名Copyleft
MIT是是否
Apache 2.0是是否(授予专利权)
GPL 3.0是是是(衍生作品)
CC BY 4.0是是否(适用于非代码内容)
CC BY-NC 4.0否是否(适用于非代码内容)

默认建议:代码采用 MIT,数据集/模型采用 CC BY 4.0。

步骤 7:发布前测试

发布之前:

  1. 克隆到一个全新的目录
  2. 严格按照 README 中的安装步骤操作
  3. 运行快速开始命令
  4. 运行评估,确认数值与论文一致
  5. 检查 git 历史记录中是否包含敏感信息

输出格式

请提供:

  1. 审计报告:发现的敏感内容、依赖项问题和无用代码
  2. 操作清单:需要修改/移除/添加的具体文件
  3. README 草稿:遵循上述结构
  4. 可复现性检查清单:逐项实验核验状态

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