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setup-medsci

setup-medsci

github.com/aperivue开发353104 次安装1 天前更新
代码仓库

关于 setup-medsci

setup-medsci 是用于检查 MedSci Skills 环境是否满足工具和版本要求的诊断 Skill。它会报告检查结果和文档链接，但不会安装或配置软件。

主要功能

  1. 01检测操作系统
  2. 02检查必需与可选工具
  3. 03报告版本和命令失败
  4. 04提供设置文档链接
  5. 05生成 Markdown 诊断表

适用场景

  1. 01检查 MedSci Skills 环境
  2. 02准备 GitHub 诊断报告
  3. 03查找缺失工具的设置说明

MCP 相关

它通过 `claude mcp list` 检查 MCP 服务的连接状态，不会修改 MCP 配置。

安装

复制下面的命令，在终端中运行。

$npx skills add https://github.com/aperivue/medsci-skills --skill setup-medsci

安装后在 Claude Code 中输入/setup-medsci确认已加载。

附带文件references/setup-checklist.mdskill.yml

详细介绍

Setup-MedSci Skill

仅诊断。绝不安装、升级或配置任何内容——不运行 brew install、 winget install、pip install、Rscript -e 'install.packages(...)'，也不编辑 ~/.claude.json 或任何 MCP 配置（只能读取 claude mcp list）——因为面向非开发者用户的系统 Python 和 R 自动安装程序会带来大量支持问题。如果缺少某个工具，用户应自行按照设置文档操作。Skill 版本和内容不在范围内 （validate_skills.sh、/manage-project status）。

诊断表使用英文，以便复制到 GitHub issue 中。修复链接指向 medsci-skills 仓库中的 docs/setup/ 指南，且仅有以下五个文件： docs/setup/README.md、docs/setup/mac.md、docs/setup/windows.md、docs/setup/mcp-setup.md、 docs/setup/common-issues.md。

工作流

阶段 1：检测操作系统
uname -s
  • Darwin → macOS → docs/setup/mac.md
  • Linux → Linux（工具与 Mac 类似）→ docs/setup/mac.md
  • MINGW*、MSYS*、CYGWIN*，或在 Windows 上检测失败 → docs/setup/windows.md
阶段 2：运行诊断命令

读取 references/setup-checklist.md 并运行其中的每项检查——必需项 R1-R5、可选项 O1-O5—— 使用其中的检测命令、版本命令、最低版本和状态规则。先使用 command -v <tool> 检测工具是否存在，不运行该工具（避免触发耗时的初始化）。记录版本输出和退出代码，并按原样报告版本：如果命令失败，则逐字报告失败信息，不要报告“可能”已安装的版本。如果 command -v 找到了工具，但版本命令或其解析失败，则将该行标记为 ❌，并报告失败的命令——这说明安装已损坏，而不仅仅是版本过旧。只有当 claude mcp list 显示 MCP 服务已连接时，该服务才标记为 ✅；已配置但未连接则标记为 ⚠️。

阶段 3：输出检查清单表格

将单个 Markdown 表格按以下确切格式输出到 stdout，每项检查一行，并使用与检测到的操作系统对应的参考文档链接：

## MedSci Skills Setup Diagnostic

OS detected: <macOS | Linux | Windows>
Date: <YYYY-MM-DD>

| Component | Status | Detected | Required | Action |
|---|:---:|---|---|---|
| Python 3.11+ | ✅ / ❌ | 3.11.9 | 3.11+ | OK / See docs/setup/mac.md Step 2 |
| MCP: zotero | ✅ / ❌ / ⚠️ | Connected | optional | OK / See docs/setup/mcp-setup.md |

Summary: <X required components passed, Y missing>
Next step: <one-sentence action>

状态说明：

  • ✅ 已存在且符合最低版本要求
  • ❌ 缺失或低于最低版本要求
  • ⚠️ 已存在，但为可选项且未连接
阶段 4：建议修复方法

使用参考文档中的 Summary Rules 撰写结尾句。

  • 所有必需项均为 ✅ → 指向 Demo 1： cd ~/medsci-skills/demo/01_wisconsin_bc && claude '/orchestrate --e2e'。
  • 任意必需项为 ❌ → 输出其文档链接，并告知用户按照该步骤操作。不要提出代为 安装；文档会准确说明需要复制粘贴的内容。
  • 只有可选 MCP项为 ❌ → 说明 MedSci Skills 无需 MCP 服务也能运行，但 lit-sync、verify-refs 和 write-paper 配合 Zotero MCP 使用会更顺畅；链接到 docs/setup/mcp-setup.md。

输出

诊断报告输出到 stdout。如果用户要求提供可复制的报告（例如用于 GitHub issue），还要将其写入 ~/.medsci-skills/diagnostic-YYYY-MM-DD.md，并告知用户文件位置。

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