string-database

STRING Database 技能

此技能可通过打包的 Python CLI 包装器，以编程方式查询 STRING 数据库。

先决条件

1. uv：阅读 uv 技能，并遵循其中的设置说明，确保已安装 uv 且其位于 PATH 中。
2. 用户通知：如果工作区根目录中尚不存在 .licenses/string_database_LICENSE.txt，则 (1) 显著提醒用户查看 https://string-db.org/cgi/access 上的条款，然后 (2) 创建该文件，记录通知文本和时间戳。

核心规则

1. 必须：先询问物种：STRING API 需要 NCBI Taxon ID。不得猜测或假定物种。 如果用户未明确说明物种或 Taxon ID，必须停止并询问：“您想查询哪种物种？我需要 NCBI Taxon ID 才能继续。”即使是 TP53、BRCA1 或 MDM2 这类常见于人类研究的知名蛋白，也必须询问——不得默认使用 Human。
2. 切勿将输出打印到 stdout：必须使用 --output <file.tsv>。切勿将大型输出读入上下文。应改用 jq、python 或文件操作（grep、head）处理大型输出。
3. 先映射标识符：如果只有常见基因名称（例如 'TP53'），请先将其映射为 STRING ID，这样可确保服务器响应速度快得多。使用 map 命令进行映射。
4. 通知：如果使用了此技能，确保在输出中提及这一点。

工具执行

CLI 位于 scripts/string_cli.py，应使用 uv run 运行：

uv run scripts/string_cli.py <command> [options] --output /tmp/out.tsv

功能领域（渐进式披露）

根据用户的请求，阅读以下参考文件：

• 映射标识符 - 将常见蛋白质名称映射为 STRING ID。
• 相互作用与网络 - 查找相互作用蛋白质、网络拓扑、中介因子、同源性和可视化网络图像。
• 富集分析与功能注释 - 分析通路富集（GO、KEGG、Pfam）、PPI 显著性，或查找与特定术语（例如 Melanoma）相关的所有蛋白质。
• 数值/排名富集分析 - 提交完整的实验数据集（例如 logFC、p 值），使用异步后台 API 进行基于排名的富集分析。

开始时，请阅读最适合当前任务的参考文件，以了解正确的 CLI 命令。