tooluniverse-claude-code-plugin

为 Claude Code 安装 ToolUniverse 插件

一键安装 ToolUniverse 插件：包含 MCP 服务、1000 多个工具、120 多个研究技能、斜杠命令和研究 Agent，全部自动配置。

前置条件（检查一次即可）

uv --version      # must exist; if not:  curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh
claude --version  # Claude Code CLI; if not: https://claude.com/claude-code

安装

# 1. Register the ToolUniverse marketplace from GitHub
claude plugin marketplace add mims-harvard/ToolUniverse

# 2. Install the plugin
claude plugin install tooluniverse@tooluniverse

完成。重启 Claude Code。首次使用时，MCP 服务会通过 uvx tooluniverse 自动启动（冷启动约需 30 秒，之后即时启动）。

推荐：开启自动更新

第三方市场默认不开启自动更新——如果不开启，只有在你记得运行 claude plugin update tooluniverse 时，新工具和技能才会更新到你的环境中（参见下方的“更新”）。只需开启一次：

python3 -c "
import json, pathlib, sys
p = pathlib.Path.home() / '.claude/plugins/known_marketplaces.json'
d = json.loads(p.read_text())
if 'tooluniverse' not in d:
    sys.exit('Run the marketplace add command above first')
d['tooluniverse']['autoUpdate'] = True
p.write_text(json.dumps(d, indent=2))
print('autoUpdate enabled for tooluniverse')
"

对应的交互式路径：/plugin → Marketplaces → tooluniverse → Enable auto-update。

开启后，Claude Code 会在每次会话启动后于后台检查市场和插件更新（随机延迟最多约 10 分钟），并自动更新磁盘上已安装的插件。更新完成后，你会看到 /reload-plugins 提示，或者更新会在你下次启动时应用——无需再手动运行 claude plugin update。

这是本地的、按机器保存的状态——无法通过插件自身的清单将其设为默认值。marketplace.json 没有 autoUpdate 字段；Claude Code 有意将其设为每次安装各自的信任边界，防止发布者强制在用户的机器上静默自动更新。

重要：如果之前安装过全局技能，请将其移除

如果你之前通过 tooluniverse-install-skills 或手动复制的方式全局安装了 ToolUniverse 技能，请将其移除。插件已包含所有技能——全局副本会干扰插件的技能路由。

# Check for global skills
ls ~/.claude/skills/tooluniverse-* 2>/dev/null | wc -l

# Remove them (the plugin replaces them)
rm -rf ~/.claude/skills/tooluniverse-*
rm -rf ~/.claude/skills/create-tooluniverse-skill
rm -rf ~/.claude/skills/setup-tooluniverse

固定工具版本（可选，便于复现）

MCP 服务通过 uvx 运行 PyPI 上的 tooluniverse 包。若要锁定工具行为以支持长期分析，请在插件的 .mcp.json 中固定软件包版本——将参数改为：

"args": ["[email protected]"]

将 1.2.2 替换为 https://pypi.org/project/tooluniverse/ 上的任意已发布版本。重启 Claude Code 以应用更改。（.mcp.json 的位置见下方“API 密钥”部分。）

验证是否成功

claude plugin list
# Expect: tooluniverse  (enabled)

在 Claude Code 中，只需自然地提问：

What are the top mutated genes in breast cancer?
Research the drug metformin.

路由技能会自动分派到合适的专用技能——无需添加命令前缀。

你将获得的功能

组件	功能	调用方式
MCP 服务	通过 find_tools、get_tool_info、execute_tool 使用 1000 多个工具	自动加载；无需操作
/tooluniverse:research	在当前聊天中进行多数据库调查（你可以看到每个步骤）	斜杠命令
/tooluniverse:translate-id	在所有相关命名空间中解析 ID	斜杠命令
/tooluniverse:cross-validate	跨 3 个或更多独立数据库验证一项声明	斜杠命令
/tooluniverse:compare	使用适合领域的列进行 N 路并排比较	斜杠命令
/tooluniverse:literature-sweep	综合 PubMed、EuropePMC 和 Semantic Scholar，撰写分级小型综述	斜杠命令
/tooluniverse:verify-references	检查引用是否真实、描述是否准确，以及是否已撤稿	斜杠命令
/tooluniverse:self-review	根据实际目标审查当前工作或指定内容；默认进行定性审查，只有明确要求时才评分	斜杠命令
/tooluniverse:setup-keys	配置 ToolUniverse API 密钥	斜杠命令
/tooluniverse:researcher	与 research 进行相同的调查，但委派给分叉的子 Agent	斜杠命令
120 多个技能	结构化工作流（药物研究、变异解读、药物警戒、CRISPR 筛选、统计建模等）	在匹配的问题中自动启用

API 密钥（可选，但建议配置）

大多数工具无需密钥即可使用。若要获得增强访问权限，请将所需密钥添加到 MCP 服务的 env 块中。找到已安装插件的 .mcp.json：

# Show component inventory + on-disk location:
claude plugin details tooluniverse

# Or find the file directly:
find ~/.claude/plugins -name '.mcp.json' -path '*tooluniverse*'

# Typical install location after marketplace install:
# ~/.claude/plugins/cache/tooluniverse/tooluniverse/<version>/.mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "tooluniverse": {
      "command": "uvx",
      "args": ["tooluniverse"],
      "env": {
        "PYTHONIOENCODING": "utf-8",
        "NCBI_API_KEY": "your_key",
        "NVIDIA_API_KEY": "your_key",
        "ONCOKB_API_TOKEN": "your_token"
      }
    }
  }
}

完整的 API 密钥列表：setup-tooluniverse 技能 → API_KEYS_REFERENCE.md。

更新

如果你已在上文启用自动更新，此操作会在后台自动完成，无需采取任何操作。

否则，请手动更新：

claude plugin update tooluniverse
# Also refresh the MCP server's tool cache:
uv cache clean tooluniverse

重启 Claude Code。

卸载

claude plugin uninstall tooluniverse
claude plugin marketplace remove tooluniverse

其他安装方式

克隆并本地安装（适用于隔离网络环境或分支）

git clone https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse.git
cd ToolUniverse
claude plugin marketplace add ./
claude plugin install tooluniverse@tooluniverse

下载发行版 zip（无需 git）

从 https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/releases 下载 tooluniverse-plugin-vX.Y.Z.zip，解压，然后：

claude plugin marketplace add /path/to/unzipped-dir
claude plugin install tooluniverse@tooluniverse

故障排除

症状	解决方法
marketplace add 失败并提示 "no marketplace.json"	确保使用的是 mims-harvard/ToolUniverse（owner/repo），而不是插件子目录。
uvx: command not found	安装 uv（参见先决条件），然后重新打开终端。
MCP 服务无法启动	在终端中测试：uvx tooluniverse。如果这里也失败，则是 uv/Python 问题。
插件已安装，但缺少工具	重启 Claude Code。首次启动时会下载软件包（约 30 s）。
requires-python >= 3.10	uv python install 3.12
工具似乎过时	运行 uv cache clean tooluniverse，然后重启 Claude Code。
未检测到新发行版／工具运行的是旧版本	运行 uv tool list | grep tooluniverse。如果列表中有该项，说明全局 uv tool install 正在覆盖插件的 uvx（uvx 优先使用已安装的工具，而非最新发布的版本）。解决方法：运行 uv tool uninstall tooluniverse，然后重启。未进行此类安装的普通用户始终会自动获取最新版本。

仍未解决：https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/issues

自动诊断与修复

如果上表中的方法未能解决问题，请将此技能交给 Agent，并告诉它 “阅读 tooluniverse-claude-code-plugin 技能，诊断并修复我的插件安装”；或者按顺序自行 运行以下检查。每项检查都安全且幂等；对失败的项目应用相应的 FIX， 然后重启 Claude Code。

# 1. Is uv/uvx installed?  (most common cause of "no tools at all")
command -v uvx || echo "FIX: curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh"

# 2. Can the MCP package actually resolve + run?  (non-hanging proxy for the server)
uvx --from tooluniverse tu --version || echo "FIX: uv/Python issue — see steps 1 and 5"

# 3. Running an OLD version even after updating?  (non-obvious!)
uv tool list | grep -q tooluniverse \
  && echo "FIX: uv tool uninstall tooluniverse   (a global install shadows the plugin's uvx)" \
  || echo "ok: nothing shadowing uvx"

# 4. A new pip version was released but tools still stale?  force a refresh
uv cache clean tooluniverse        # or one-shot: uvx --refresh tooluniverse --version

# 5. Python too old (requires >= 3.10)?
uv python install 3.12

# 6. Global skills interfering with the plugin's routing?
ls ~/.claude/skills/tooluniverse-* 2>/dev/null && echo "FIX: rm -rf ~/.claude/skills/tooluniverse-*"

# 7. Is the plugin actually enabled?
claude plugin list | grep tooluniverse || echo "FIX: claude plugin install tooluniverse@tooluniverse"

Agent 可以运行整个检查序列，应用每项 FIX，并提示你重启—— 你无需了解其内部原理。

面向插件维护者

此技能介绍的是面向用户的安装流程。插件源代码位于仓库中的 /plugin，其中包含自己的 .claude-plugin/plugin.json 和 .mcp.json。根目录中的 .claude-plugin/marketplace.json 使 claude plugin marketplace add mims-harvard/ToolUniverse 可以直接运行——它通过 "source": "./plugin" 列出该插件。

发布插件时：

• 最简单的方法：在修改了 plugin/ 或 .claude-plugin/ 的 main 分支提交消息中加入 [release:patch]（或 :minor／:major）。auto-release.yml 会运行 scripts/release-plugin.sh，更新 plugin/.claude-plugin/plugin.json 和根目录的 .claude-plugin/marketplace.json，提交并创建标签；推送标签后会触发 release-plugin.yml 来构建 zip 并创建 GitHub Release。（或者在 Actions 界面中运行“Auto-release plugin”。）
• 下一个版本的基准值为 max(plugin.json, latest vX.Y.Z tag)，因此即使清单版本落后于标签版本，也不会与现有标签冲突。
• 版本更新提交进入 main 后，插件自动更新就会立即推送给用户（与标签或 zip 无关）。

pip 软件包（PyPI 上的 tooluniverse）属于独立的发布线：更新 pyproject.toml 后，publish-pypi.yml 会发布该软件包（→ publish-mcp-registry.yml）。插件和 pip 版本不必同步更新——uvx tooluniverse 会自动为用户解析到最新发布的 pip 版本，因此单独发布插件或单独发布 pip 软件包都没有问题。