Interacting with the Drug Gene Interaction Database (DGIdb) via Claude Desktop

Claude Desktop を介した Drug Gene Interaction Database（DGIdb）の利用

ライセンスと引用

このプロジェクトは、学術論文での引用を求める MIT License のもとで利用できます。つまり、コードは自由に使用、変更、配布できますが、このソフトウェアを使用した学術論文や科学論文を発表する場合は、適切なクレジットを記載する必要があります。

学術・研究目的での利用：

このソフトウェアを研究プロジェクトで使用し、その成果として論文、発表、または報告書を作成する場合は、CITATION.mdに記載された形式に従って、本プロジェクトを必ず引用してください。

商用・非学術目的での利用：

商用および非学術目的での利用には、引用要件を除き、標準の MIT License の条件が適用されます。

このソフトウェアを使用することで、これらの条件に同意したものとみなされます。ライセンスの全文については、LICENSE.mdをご覧ください。このガイドでは、Claude Desktop というアプリケーションを通じて、科学者や研究者が Drug Gene Interaction Database（DGIdb）を利用する方法を説明します。この設定により、薬物と遺伝子の相互作用について平易な言葉で質問し、Claude 内で直接結果を取得できます。

これは何ですか？

• DGIdb： 薬物が遺伝子とどのように相互作用するかに関する情報を含む包括的なデータベースです。さまざまな情報源からデータを収集しています。
• MCP サーバー： 橋渡しをするソフトウェアです。このサーバーは DGIdb API に接続します。「MCP」は Model Context Protocol の略で、AI モデル（Claude のモデルなど）がツールを利用するための仕組みです。
• Claude Desktop： AI アシスタントとやり取りできるアプリケーションです。適切に設定すると、Claude はこの MCP サーバーを使って DGIdb からデータを取得できます。

つまり、このサーバーは Claude が DGIdb の情報を検索するために必要な「ツール」を提供します。

Claude Desktop での利用方法

この DGIdb MCP サーバーがセットアップされ、デプロイされている場合（たとえば、技術担当の同僚が行った場合）、Claude Desktop アプリケーションを接続できます。これにより、Claude に次のような質問ができます。

• 「薬物 Imatinib の相互作用は何ですか？」
• 「Dovitinib と相互作用する遺伝子を見つけてください。」
• 「Trametinib の薬物属性を表示してください。」

Claude はこのサーバーを使って DGIdb から回答を検索し、提示します。

Claude Desktop の設定

Claude Desktop アプリケーションに、DGIdb サーバーの場所を指定する必要があります。通常は、Claude Desktop の設定ファイルを編集して行います。

通常、技術担当者または管理者がサーバーをデプロイし、特定の URL（Web アドレス）を提供します。たとえば、サーバーは https://dgidb-mcp-server.your-organization.workers.dev/mcp のようなアドレスで利用できる場合があります。

Claude Desktop の設定は、次のようになります。Claude Desktop の設定ファイルの mcpServers 部分に「dgidb」セクションを追加します。

{
  "mcpServers": {
    // ... (other server configurations might be here) ...

    "dgidb": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "mcp-remote",
        "https://dgidb-mcp-server.quentincody.workers.dev/mcp" // <-- This URL needs to be the actual address of YOUR deployed DGIdb MCP server
      ]
    }

    // ... (other server configurations might be here) ...
  }
}

重要：

• 上記の例にある URL https://dgidb-mcp-server.quentincody.workers.dev/mcp は説明用です。ご利用の DGIdb MCP サーバーのインスタンスが実行されている実際の URL に置き換えてください。
• 設定を更新した後、変更を反映するには通常、Claude Desktop を再起動する必要があります。

設定が完了すると、Claude 内で DGIdb ツールを利用できるようになり、データベースを簡単に検索できます。

技術ユーザー向け：サーバーのデプロイ

技術ユーザーで、このサーバーをデプロイする必要がある場合（Cloudflare Workers など）：

1. 始める： このサーバーは Cloudflare Workers にデプロイできます。デプロイボタンとコマンドラインの手順（多くの場合、npm create cloudflare@latest を使用）については、元のより技術的な README を参照してください。

2. カスタマイズ： サーバーのコードは src/index.ts にあります。このファイルでは、サーバーが DGIdb に接続する方法と、MCP クライアントに提供する「ツール」を定義します。

3. ほかのクライアント（AI Playground など）への接続： デプロイ後は、URL（例：https://your-dgidb-server-name.your-account.workers.dev/mcp）を指定することで、Cloudflare AI Playground などのほかのクライアントからも MCP サーバーに接続できます。

この DGIdb MCP サーバーは、公開されている DGIdb GraphQL API https://dgidb.org/api/graphql を使用します。