Skills

D

db-query-patterns

hainrixz / claude-db

审计查询形态反模式 —— SELECT *、结构性 N+1（有方向性）、OFFSET 分页 vs 键集分页，以及使索引失效的非 SARGable 谓词。模块 M13。计入性能与规模得分。

D

db-referential-integrity

hainrixz / claude-db

审计外键完整性 —— 缺失外键导致孤儿行（金融/认证 = 严重度 5）、缺失或不安全的 ON DELETE/ON UPDATE 动作、引用循环，以及复合外键的列/顺序不匹配。模块 M3。同时计入设计与完整性（Integridad referencial）与性能与规模（Query）得分。

D

db-storage-bloat

hainrixz / claude-db

审计存储可运维性——VACUUM / autovacuum 健康状况与表和索引膨胀、事务 ID 回卷风险（严重级别 5），以及宽列存储上的墓碑累积。模块 M18。为 Performance & Scale 评分提供输入。

D

db-types-precision

hainrixz / claude-db

审计列类型与精度——以 float/double 存储金额（严重级别 5）、naive timestamp 与 timestamptz/UTC 的对比、用 jsonb 规避 schema、enum 与查找表的选择，以及字符集/排序规则（utf8mb4、大小写不敏感排序规则）。模块 M4。为 Design & Integrity 评分提供输入（Tipos 类别）。

D

ddinter-database

jaechang-hits / sciagent-skills

通过 REST API 查询 DDInter 药物相互作用（170 万+ 条相互作用，2,400+ 种药物）。按药物名称/ID 搜索，获取严重程度（major/moderate/minor）、机制和临床建议。无需认证。FDA 标签用 dailymed-database；药物基因组学用 clinpgx-database。

D

deepstream-run-mv3dt

nvidia / skills

运行并操作 DeepStream Multi-View 3D Tracking 参考应用，也称为 MV3DT。当用户要求设置前置条件、运行随附的 MV3DT 示例、在自定义的同步 MP4 数据集上运行 Multi-View 3D Tracking、导入相机标定、将缺失的标定交给 AutoMagicCalib、检查 OSD 或 BEV 可视化、使用 MV3DT Kafka 元数据，或在 DeepStream MV3DT 应用目录中清理 MV3DT 运行状态时使用。

D

deeptools

leonchaox / qinyan-academic-skills

NGS 分析工具包。用于 ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq 可视化的 BAM 到 bigWig 转换、质控（相关性、PCA、指纹图谱）以及热图/曲线图（TSS、峰）。

D

design

hainrixz / claude-db

全新数据库设计 —— 为新项目挑选合适的引擎，与平淡的默认选项对比，并交付带图表的起步数据模型。推荐模式（模块 M0）；从不计分，从不具破坏性。适用于用户从零开始并询问使用哪个数据库、如何为新应用建模、哪种引擎合适，或需要从零设计的 schema/数据模型时。

D

diffdock

leonchaox / qinyan-academic-skills

基于扩散模型的分子对接。根据 PDB/SMILES 预测蛋白质-配体结合构象和置信度分数，并进行虚拟筛选，用于基于结构的药物设计。不用于预测亲和力。

D

disaster-recovery

chaterm / terminal-skills

灾难恢复

D

dnanexus-integration

leonchaox / qinyan-academic-skills

DNAnexus 云基因组学平台。构建应用/小程序、管理数据（上传/下载）、使用 dxpy Python SDK、运行工作流，处理 FASTQ/BAM/VCF，用于基因组学流水线的开发与执行

D

drugbank-database

leonchaox / qinyan-academic-skills

访问并分析 DrugBank 数据库中的全面药物信息，包括药物特性、相互作用、靶点、通路、化学结构和药理数据。用于处理药物数据、药物发现研究、药理学研究、药物相互作用分析、靶点识别、化学相似性搜索、ADMET 预测，或任何需要从 DrugBank 获取详细药物及药物靶点信息的任务。

E

emdb-database

jaechang-hits / sciagent-skills

通过 entry REST API + EBI Search WS 查询 EMDB 冷冻电镜密度图和拟合的原子模型。获取条目元数据（分辨率、方法、生物体、样品）、图谱下载 URL、拟合的 PDB ID 和引用。通过 EBI Search 进行关键词搜索。无需认证。原子坐标用 pdb-database；AlphaFold 预测用 alphafold-database-access。

E

ena-database

leonchaox / qinyan-academic-skills

通过 API/FTP 访问 European Nucleotide Archive。按登录号检索 DNA/RNA 序列、原始读段（FASTQ）和基因组组装数据，用于基因组学和生物信息学流程。支持多种格式。

E

ensembl-database

leonchaox / qinyan-academic-skills

查询 Ensembl 基因组数据库 REST API，涵盖 250 多个物种。用于基因查询、序列检索、变异分析、比较基因组学、直系同源基因查询和 VEP 预测，适用于基因组研究。

E

etetoolkit

leonchaox / qinyan-academic-skills

用于系统发育基因组学的系统发育树工具包（ETE）。支持树操作（Newick/NHX）、进化事件检测、直系同源／旁系同源分析、NCBI 分类法和可视化（PDF/SVG）。

E

extracting-keywords

oaustegard / claude-skills

使用 YAKE 算法从文档中提取关键词，支持 34 种语言（从阿拉伯语到中文）。适用于用户要求关键词提取、关键术语、主题识别、内容摘要或文档分析时。包含面向 AI/ML 和生命科学的领域特定停用词。可选的深度提取模式（n=2+n=3 组合）以实现全面覆盖。

F

fda-database

jaechang-hits / sciagent-skills

通过 openFDA REST API 查询不良事件（FAERS）、标签、产品信息、召回、执法。按药物名称、成分、MedDRA 或 NDC 搜索。无 key 每日 1k 次请求；使用免费 key 为 120k 次。临床试验用 clinicaltrials-database-search；结构用 drugbank-database-access 或 chembl-database-bioactivity。

F

finetuning-technique

awslabs / agent-plugins

为用户的使用场景选择微调技术（SFT、DPO、RLVR 或 RLAIF），并依据所选模型可用的配方对其进行验证。当用户已决定进行微调并需要选择技术，或需要针对模型验证该技术时使用。需要已选定基础模型（通过 model-selection 技能）。

F

flowai-live-dashboard-template

nexu-io / open-design

FlowAI 风格的团队管理仪表板技能——三个标签页（Team Members、Team Details、Activity Log）、KPI 统计行、成员表、角色分布条形图、在线状态与活动迷你图，以及热门贡献者面板，全部都在单个自包含 HTML 文件中，支持浅色/深色主题、可悬停的图表提示、点击缩放面板和 CSV 导出。当需求要求团队/工作区管理仪表板、带图表的交互式管理仪表板，或点名 FlowAI 时使用。

G

gene-database

leonchaox / qinyan-academic-skills

通过 E-utilities/Datasets API 查询 NCBI Gene。按符号/ID 搜索，获取基因信息（RefSeq、GO、位置、表型），并进行批量查询，用于基因注释和功能分析。

G

generating-trading-signals

jeremylongshore / tons-of-skills-marketplace

使用技术指标（RSI、MACD、Bollinger

G

geniml

leonchaox / qinyan-academic-skills

处理机器学习任务中的基因组区间数据（BED 文件）时使用此技能。适用于训练区域嵌入（Region2Vec、BEDspace）、单细胞 ATAC-seq 分析（scEmbed）、构建共识峰（universes），或任何基于 ML 的基因组区域分析。适用于 BED 文件集合、scATAC-seq 数据、染色质可及性数据集，以及基于区域的基因组特征学习。

G

geopandas

leonchaox / qinyan-academic-skills

用于处理地理空间矢量数据的 Python 库，支持 shapefile、GeoJSON 和 GeoPackage 文件。适用于使用地理数据进行空间分析、几何运算、坐标转换、空间连接、叠加分析、分级统计图绘制，以及任何涉及读取、写入或分析矢量地理数据的任务。支持 PostGIS 数据库、交互式地图，以及与 matplotlib/folium/cartopy 集成。可用于缓冲区分析、数据集间的空间连接、边界融合、数据裁剪、面积/距离计算、坐标系重投影、地图创建或空间文件格式转换等任务。

G

get-available-resources

leonchaox / qinyan-academic-skills

在任何计算密集型科学任务开始时，都应使用此技能检测并报告可用系统资源（CPU 核心、GPU、内存、磁盘空间）。它会创建包含资源信息和策略建议的 JSON 文件，用于指导计算方案的选择，例如是否采用并行处理（joblib、multiprocessing）、外存计算（Dask、Zarr）、GPU 加速（PyTorch、JAX）或节省内存的策略。在运行分析、训练模型、处理大型数据集或执行任何需要考虑资源限制的任务前使用此技能。

G

gnomad-database

leonchaox / qinyan-academic-skills

查询 gnomAD（Genome Aggregation Database），获取群体等位基因频率、变异约束评分（pLI、LOEUF）以及功能缺失不耐受性。对变异致病性解读、罕见病遗传学以及识别功能缺失不耐受基因至关重要。

G

google-cloud-ai-platform

membranedev / application-skills

Google Cloud AI Platform 集成。管理数据、记录并自动化工作流。当用户希望与 Google Cloud AI Platform 数据交互时使用。

G

gtars

leonchaox / qinyan-academic-skills

采用 Rust 编写并提供 Python 绑定的高性能基因组区间分析工具包。用于处理基因组区域、BED 文件、覆盖轨迹、重叠检测、ML 模型分词，或计算基因组学和机器学习应用中的片段分析。

G

gwas-database

leonchaox / qinyan-academic-skills

查询 NHGRI-EBI GWAS Catalog 中的 SNP-性状关联。按 rs ID、疾病/性状或基因搜索变异，并获取 p 值和汇总统计数据，用于遗传流行病学和多基因风险评分。

H

helius

raintree-technology / claude-starter

Helius Solana RPC 与 API 专家。为 Solana 提供高性能基础设施，包括 RPC 节点、面向 NFT/token 的 DAS API、LaserStream 实时流、webhooks、Priority Fee API、Enhanced Transactions 和 ZK Compression。触发词：Helius、Solana RPC、DAS API、Digital Asset Standard、NFT metadata、Solana webhooks、priority fees、LaserStream、ZK compression。

H

hmdb-database

leonchaox / qinyan-academic-skills

访问 Human Metabolome Database（220K+ 种代谢物）。按名称/ID/结构搜索，检索化学性质、生物标志物数据、NMR/MS 谱图和通路，用于代谢组学和鉴定。

H

hypogenic

leonchaox / qinyan-academic-skills

在表格数据集上由 LLM 驱动的自动化假设生成与检验。当你希望系统性地探索关于实证数据中模式的假设（例如欺骗检测、内容分析）时使用。将文献洞见与数据驱动的假设检验相结合。手动构建假设请使用 hypothesis-generation；创意构思请使用 scientific-brainstorming。

I

i4h-workflow-dataset-replay

nvidia / skills

通过原始 Scene 回放一个工作流 HDF5 episode。用于视觉轨迹与录制验证；不要用于策略评估或 LeRobot 数据。

I

indykite-mcp-server

indykite / skills

通过 Model Context Protocol，从 AI Agent 发起实时的 IndyKite 授权决策（AuthZEN/KBAC），并运行 ContX IQ 图查询——在无状态协议（revision 2026-07-28）上进行自包含的 Bearer-token JSON-RPC 调用，无需会话握手，也无需定制 REST 接线。在调用 IndyKite MCP 服务（server/discover、tools/list、authzen_evaluate、authzen_evaluations、authzen_search_*、ciq_execute）、配置 MCP 服务或调试其单一的 Bearer-token 身份验证时使用。

I

insight-synthesis

gtmagents / gtm-agents

用于将原始客户反馈转化为有说服力的叙述、主题，

I

interpro-database

leonchaox / qinyan-academic-skills

查询 InterPro，获取蛋白质家族、结构域和功能位点注释。整合 Pfam、PANTHER、PRINTS、SMART、SUPERFAMILY 以及其他 11 个成员数据库。用于蛋白质功能预测、结构域架构分析、进化分类以及 GO 术语映射。

I

introspect

hainrixz / claude-db

一级实时只读内省。通过 DB MCP 服务端的读取类工具（首选）或最小权限只读连接字符串连接到运行中的数据库，只读取目录（不读取表数据、不写入），并将受影响的发现项升级为已确证的置信度。它强制只读约定；当无实时访问时，将依赖的检查标记为 needs_api —— 绝不静默通过。由 db-orchestrator 和审计器在检查需要运行时真相时调用。

J

jaspar-database

leonchaox / qinyan-academic-skills

查询 JASPAR，获取转录因子结合位点（TFBS）谱（PWM/PFM）。可按 TF 名称、物种或类别搜索；扫描 DNA 序列中的 TF 结合位点；比较矩阵；对调控基因组学、基序分析以及 GWAS 调控变异解读至关重要。

K

kegg-database

leonchaox / qinyan-academic-skills

直接访问 KEGG REST API（仅限学术用途）。支持通路分析、基因-通路映射、代谢通路、药物相互作用和 ID 转换。对于涉及多个数据库的 Python 工作流，优先使用 bioservices。适用于直接 HTTP/REST 操作或需要 KEGG 特定控制的场景。

K

kizeo-forms

membranedev / application-skills

Kizeo Forms 集成。管理表单、用户和群组。当用户希望与 Kizeo Forms 数据交互时使用。

K

kweaver-core

kweaver-ai / kweaver-sdk

操作 KWeaver 知识网络与 Decision Agent — 构建知识网络、查询 Schema/实例、语义搜索、执行 Action、Agent CRUD 与对话、Trace 数据分析。操作 Dataflow 文档流程 — 列出流程、触发运行、查询运行历史、查看步骤日志。操作 Skill 管理模块 — 注册 Skill、市场查找、渐进式读取、下载与安装。操作 Toolbox / Tool — 创建工具箱、上传 OpenAPI 工具、发布与启停。操作 Vega 可观测平台 — 查询 Catalog/资源/连接器类型、健康巡检。操作模型工厂 — 大模型/小模型 CRUD（mf-model-manager）、OpenAI 兼容对话与小模型调用（mf-model-api）、adapter 注册。当用户提到"知识网络"、"知识图谱"、"查询对象类"、"执行 Action"、"有哪些 Agent"、"创建 Agent"、"跟 Agent 对话"、"列出所有 Agent 模板"、"列出我创建的 Agent"、"列出私人空间的 Agent"、"dataflow"、"数据流"、"流程编排"、"流程运行记录"、"流程日志"、"触发 dataflow"、"查看 dataflow 运行历史"、"Skill"、"技能包"、"注册 Skill"、"安装 Skill"、"读取 SKILL.md"、"toolbox"、"工具箱"、"上传工具"、"注册工具"、"OpenAPI 工具"、"启用工具"、"发布 toolbox"、"数据源"、"数据视图"、"原子视图"、"Catalog"、"Vega"、"健康检查"、"巡检"、"trace"、"证据链"、"数据流追踪"、"数据来源"、"数据怎么得到的"、"BKN 指标"、"指标管理"、"指标查询"、"指标试算"、"metric dry-run"、"模型工厂"、"小模型"、"embedding"、"rerank"、"mf-model"、"model chat" 等意图时自动使用。

L

labarchive-integration

leonchaox / qinyan-academic-skills

电子实验室笔记本 API 集成。访问笔记本、管理条目/附件、备份笔记本，并与 Protocols.io/Jupyter/REDCap 集成，适用于程序化 ELN 工作流

L

lamindb

leonchaox / qinyan-academic-skills

使用 LaminDB 时应采用此技能。LaminDB 是一个面向生物学的开源数据框架，可使数据可查询、可追踪、可复现并符合 FAIR 原则。适用于管理生物数据集（scRNA-seq、空间数据、流式细胞术等）、追踪计算工作流、使用生物本体整理和验证数据、构建数据湖仓，或确保生物研究中的数据沿袭和可复现性。涵盖数据管理、注释、本体（基因、细胞类型、疾病、组织）、架构验证、与工作流管理器（Nextflow、Snakemake）及 MLOps 平台（W&B、MLflow）的集成，以及部署策略

L

latchbio-integration

leonchaox / qinyan-academic-skills

用于生物信息学工作流的 Latch 平台。使用 Latch SDK、@workflow/@task 装饰器构建管道，部署无服务器工作流，并集成 LatchFile/LatchDir、Nextflow/Snakemake

L

ln-022-researchgraph

levnikolaevich / claude-code-skills

为项目研究图谱建立索引并查询，由 hex-research MCP 提供支持。用于假设、目标、基准运行、证据深度、派生目标指标、血缘关系、生成的研究地图以及图谱审计。

L

logstash

membranedev / application-skills

Logstash 集成。管理数据、记录并自动化工作流。当用户希望与 Logstash 数据交互时使用。

M

market-sizing

openai / role-specific-plugins

以透明的假设和不确定性估算市场、细分市场或机会规模。用于 TAM/SAM/SOM、规模情景推演，或比较潜在机会的量级。

M

matchms

leonchaox / qinyan-academic-skills

用于代谢组学的谱图相似度与化合物鉴定。用于比较质谱、计算相似度得分（余弦、修正余弦），以及从谱图库中鉴定未知化合物。最适合代谢物鉴定、谱图匹配、库搜索。完整的 LC-MS/MS 蛋白质组学流程请使用 pyopenms。

M

matchms-spectral-matching

jaechang-hits / sciagent-skills

使用 matchms 进行 MS 谱图匹配和代谢物鉴定。导入谱图（mzML、MGF、MSP、JSON），过滤/归一化峰，计算相似度（余弦、改进余弦、指纹），构建可复现的流程，对照谱图库鉴定未知物。完整 LC-MS/MS 蛋白质组学用 pyopenms。

M

materialize-debug-freshness

materializeinc / agent-skills

当 Materialize 对象落后于挂钟时间时使用——mz_wallclock_global_lag 延迟高、物化视图、索引或 sink 陈旧或滞后、新鲜度告警、结果持续显示旧数据，或数据流的输出跟不上其输入。

M

medchem

leonchaox / qinyan-academic-skills

药物化学筛选规则。应用 Lipinski、Veber 规则、PAINS 筛选、结构警示和复杂度指标，用于化合物优先级排序和化合物库筛选。

M

metabolomics-workbench-database

jaechang-hits / sciagent-skills

查询 Metabolomics Workbench REST API（4,200+ 项 NIH 研究），用于代谢物鉴定、研究检索、RefMet 标准化、m/z 前体搜索以及基因/蛋白质注释。注意事项：compound 的 input_item 不接受 `name`（请用 pubchem_cid/kegg_id/inchi_key 等）；自由文本 → compound 是两步流程 refmet/match→refmet/name；moverz 端点返回 TSV 文本，而非 JSON。本地 XML 请用 hmdb-database；通用化合物查询请用 pubchem-compound-search。

M

metabolomics-workbench-database

leonchaox / qinyan-academic-skills

通过 REST API 访问 NIH Metabolomics Workbench（4,200 多项研究）。查询代谢物、RefMet 命名法、MS/NMR 数据、m/z 搜索、研究元数据，适用于代谢组学和生物标志物发现。

任务自动化、容器化、CI/CD 与实验跟踪

M

monarch-database

leonchaox / qinyan-academic-skills

查询 Monarch Initiative 知识图谱，获取跨物种的疾病-基因-表型关联。整合 OMIM、ORPHANET、HPO、ClinVar 以及模式生物数据库。用于罕见病基因发现、表型到基因的映射、跨物种疾病建模以及 HPO 术语查询。

N

n8n:telemetry

n8n-io / n8n

指导如何通过 `@n8n/telemetry` 事件注册表添加、更改与审查遥测。适用于在前端或后端代码中处理遥测、分析、跟踪、产品事件、`track()` 调用或 RudderStack/PostHog 产品事件时 — 以及每当需要查找存在哪些已注册的遥测事件、某个事件的含义或其携带的属性时。

N

nemo-retriever

nvidia / nemo-retriever

当需要使用 NeMo Retriever 26.8.1 CLI 搜索、提取、导入或查询文档集合时使用，包括本地 LanceDB 索引和已部署的 Retriever 服务。适用于 PDF、图像、Office 文件、HTML、文本、音频和视频；不适用于编辑文档或网页搜索。

适用于 "NetworkX"、"graph analysis"、"network analysis"、"graph algorithms"、"shortest path"、"centrality"、"PageRank"、"community detection"、"social network"、"knowledge graph"

N

networkx-graph-analysis

jaechang-hits / sciagent-skills

图与网络分析工具包。四种图类型（有向、无向、多重边）、中心性、最短路径、社区发现、生成器、I/O（GraphML、GML、边列表）、matplotlib 可视化。大图（100K+ 节点）用 igraph 或 graph-tool；GNN 用 PyG。

N

neurokit2

jaechang-hits / sciagent-skills

用于神经生理信号处理的 Python 工具包：ECG（HR、HRV、R 峰）、EEG（复杂度、PSD）、EMG（激活起始）、EDA/GSR（SCR 分解）、PPG 和 RSP。包含合成信号模拟。替代方案：BioSPPy（维护较少）、MNE（EEG/MEG 专家）、heartpy（仅 ECG）、scipy.signal（原始 DSP）。