Skills
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数据与数据库
访问包含 2.4 亿以上 AI 预测蛋白质结构的 AlphaFold DB(v6,另有预计算的同源二聚体/异源二聚体复合物)——按 UniProt accession 检索模型、下载 PDB/mmCIF 文件,并分析预测置信度指标(pLDDT、PAE)。当 UniProt ID 需要计算预测的三维结构,或不存在实验结构时使用,适用于同源建模、蛋白质工程或基于结构的药物发现;对于实验测定的结构(X-ray、cryo-EM、NMR)优先使用 alterlab-pdb,要自行折叠新序列或复合物优先使用 alterlab-alphafold,而蛋白质序列、注释或 accession ID 映射优先使用 alterlab-uniprot。属于 AlterLab Academic Skills 套件的一部分。
通过无需密钥的 REST API 查询 cBioPortal,获取 TCGA、GENIE、MSK-IMPACT 及数百项研究中的癌症基因组学数据——体细胞突变、拷贝数变异 (GISTIC)、mRNA/蛋白表达、结构变异以及患者层面的临床/生存数据。适用于以下情形:查询某基因在某种肿瘤类型中的突变/扩增/缺失频率,跨癌种分析癌基因或抑癌基因(泛癌变异频率),提取与 OS/临床结局关联的患者层面突变,或基于队列基因组学验证癌症靶点。胚系变异致病性请使用 alterlab-clinvar;突变特征 (SBS) 分解请使用 alterlab-cosmic;CRISPR/RNAi 基因依赖性请使用 alterlab-depmap;汇总的靶点-疾病证据请使用 alterlab-opentargets。AlterLab Academic Skills 套件的一部分。
使用 deepTools 命令行处理和可视化深度测序覆盖度——将 BAM 转换为 bigWig (bamCoverage)、构建 log2 比值轨道 (bamCompare)、运行质控(multiBamSummary 相关性、PCA、plotFingerprint)、应用 ATAC-seq Tn5 偏移 (alignmentSieve --ATACshift),以及生成 TSS/峰热图和分布图 (computeMatrix、plotHeatmap、plotProfile)。适用于覆盖度轨道、信号热图/分布图、归一化 (RPGC/CPM/RPKM),以及 ChIP-seq、ATAC-seq、MNase-seq 或 RNA-seq 的有效基因组大小查询。不适用于逐读段/CIGAR/MAPQ 的 BAM 记录访问——那是 pysam。AlterLab Academic Skills 套件的一部分。
访问 NCBI GEO(Gene Expression Omnibus)获取基因表达与功能基因组学数据——按 GSE、GSM、GPL 或 GDS 编号检索并下载微阵列和 RNA-seq 数据集,并获取 SOFT、MINiML 和 series matrix 文件。适用于查找公共表达数据集、获取处理后的表达矩阵、下载某项研究的补充文件,或为差异表达分析获取按研究划分的转录组数据。若需按 SRA/ENA 运行编号获取原始 FASTQ 测序读段请使用 alterlab-ena;若需参考组织表达基线(人体各组织的中位 TPM)请使用 alterlab-gtex;若需癌症队列的体细胞突变和拷贝数请使用 alterlab-cbioportal。属于 AlterLab Academic Skills 套件的一部分。
从原始序列端到端构建系统发育树——MAFFT 多序列比对、可选的 TrimAl 修剪、带模型选择和自举的 IQ-TREE 3 最大似然推断、用于大数据集的 FastTree,然后用 ETE3 或 FigTree 可视化。适用于从序列 (FASTA) 重建进化分析、微生物基因组学、病毒系统动力学、蛋白家族研究或分子钟定年所需的树。要操作/比较已有的 Newick 树(剪枝、定根、Robinson-Foulds、重复/物种形成事件)请使用 alterlab-etetoolkit;单纯的序列解析/翻译请使用 alterlab-biopython。AlterLab Academic Skills 套件的一部分。
编写并调试在 Confluent Cloud 上运行的 Flink SQL,并严守 CC 与 Apache Flink(OSS)之间的方言边界。当工作目录是 Confluent Cloud Flink 工作区、某条 Flink SQL 语句需要在 CC 计算池上运行前先做检查,或用户提到 CC Flink、Confluent Cloud Flink SQL、`confluent flink` CLI、CFU 计算池、`CREATE CONNECTION`,或要求检查/调试运行时为 Confluent Cloud 的 Flink SQL 时使用。当提出 Flink SQL 问题且没有任何信息表明运行时是 Apache Flink OSS 时也可触发。以下情况不要触发:用 Java 构建或部署 Flink UDF(UDF/UDTF/PTF——请用 flink-udf);从数据库经 Flink 到 Tableflow/Iceberg/Delta Lake 的完整 CDC 管道(请用 confluent-cloud-cdc-tableflow);Kafka Streams 拓扑相关工作(请用 kafka-streams-programming);或已确认 Flink SQL 运行在 Apache Flink OSS 而非 Confluent Cloud 上。
纠正模型在构建 Datadog 仪表盘时的错误默认做法,已对照 Datadog 官方文档(2026 年 7 月)核实。适用于创建、编辑或审查 Datadog 仪表盘时——选择 widget、编写 metric/log/span 查询或生成 widget JSON。涵盖那些会渲染出看似合理但实际错误的数值的查询——`.as_count()` 在 graph editor 中会自动追加,但通过 API 时永远不会,因此程序化计数会静默地取平均;`p95` 只在 distribution 指标上有效,而对它取平均是平均值的平均值;比率需要在两侧都加 `.as_count()`,否则就会对插值后的平均值做除法。还涵盖让查询立足于真实存在的指标而非虚构名称、与 UI 名称不一致的 wire type 字符串(Pie Chart 是 `sunburst`,Table 是 `query_table`),以及 Datadog 自身的布局标准。假定已连接 Datadog MCP server。不适用于 Terraform 或原生 Dashboard API 管理、monitor 与 SLO 编写,或非 Datadog 的可观测性工具。
传统 Stata 生态中的经典端到端实证分析工作流——原生 Stata + reghdfe + ivreg2 + csdid + did_imputation + eventstudyinteract + sdid + rdrobust + rddensity + synth + synth_runner + psmatch2 + teffects + ebalance + coefplot + esttab + asdoc + binscatter。**默认采用经济学实证论文风格**(AER / QJE / AEJ)——每次运行都产出一套可直接发表的结果,以多列回归表(M1→M6 逐步加入控制变量/固定效应)为核心,另附表 1(描述性统计)、机制/异质性/稳健性表格,以及事件研究图、系数图和趋势图。涵盖应用经济学家在每篇论文中都会执行的完整 8 步 Stata 流程——(1) 数据导入与清洗(use/import、destring、misstable、duplicates、merge assert),(2) 变量构造(gen/egen/winsor2/xtile/xtset 配合 L./F./D.),(3) 描述性统计与表 1(tabstat/balancetable/asdoc),(4) 经典诊断检验(sktest/swilk/hettest/imtest/xtserial/xttest3/vif/dfuller/kpss/hausman/estat overid),(5) 基准建模(reg/xtreg/reghdfe/ivreg2/ivregress/csdid/did_imputation/eventstudyinteract/sdid/rdrobust/synth/psmatch2/teffects/heckman/qreg/ppmlhdfe),(6) 稳健性检验组合(bacondecomp/honestdid/rwolf/ritest/wildbootstrap/oster),(7) 进一步分析(分组/三重差分/交互项/medsem/marginsplot/按组 binscatter),(8) 可直接发表的表格与图形(esttab/outreg2/estout/coefplot/marginsplot/rdplot/twoway 组合)。**还涵盖两个共享同一套 8 步骨架的并行领域模式**——**模式 A——流行病学/公共卫生**(目标试验模拟、通过 `teffects ipw` / `teffects ipwra` / `teffects aipw` / `eltmle` 实现 IPTW + g-formula + TMLE 双重稳健三件套、通过 `mrrobust`(IVW / Egger / 加权中位数)和 `mregger` / `mrpresso` 实现孟德尔随机化、通过 `sts` / `stcox` / `streg` / `strmst2` 实现 KM / Cox / AFT / RMST 生存分析、通过 `evalue`(Linden-Mathur)做 E 值敏感性分析、主分层——STROBE / TRIPOD 报告)、以及 **模式 B——ML 因果推断**(通过 `ddml` / `pdslasso` 实现 DML、通过 `crforest` 和 `ddml interactive` 实现 S/T/X/R/DR 元学习器、通过 `crforest` / `cforest` 实现因果森林、通过 `bart` / `bartCause` 风格外部命令实现 BART/BCF、通过 `crforest` 实现 CATE 分布 + 策略树、离策略评估、共形因果外部命令、公平性审计、通过 `pcalg` / 外部 Python 调用实现 DAG 学习)。当用户要求完整的 Stata 实证分析、需要可复现的 .do 文件流程、需要与 Python StatsPAI / Full-empirical-analysis-skill 对应的 Stata 版本,或单独点名某个 Stata 步骤时使用("用双向聚类运行 reghdfe"、"csdid 事件研究"、"1% 缩尾 winsor2"、"esttab 输出 LaTeX"、"带置信区间的 coefplot"、"ivreg2 弱工具变量检验"、"synth_runner 安慰剂检验"、"teffects psmatch 平衡性检验")。模式 A 触发词:"target trial emulation Stata"、"teffects ipw aipw"、"eltmle"、"mrrobust"、"mregger weighted median"、"stcox AFT survival"、"strmst2"、"evalue Stata"、"STROBE Stata"、"公共健康 Stata"、"流行病学 Stata"。模式 B 触发词:"ddml Stata"、"pdslasso"、"crforest causal forest Stata"、"policy tree Stata"、"因果机器学习 Stata"。
当用户要求创建/设计大屏(大屏)、全屏数据可视化,或说 "创建大屏"、"生成大屏"、"新建大屏"、"设计大屏"、"做一个大屏"、"BI大屏"、"数据大屏"、"可视化大屏"、"监控大屏"、"create big screen"、"design big screen"、"BI visualization big screen" 时使用。当用户描述大屏需求如 "做一个销售数据大屏",或提到 "展厅展示"、"监控室大屏" 等全屏展示时也会触发。请务必对大屏(大屏)使用本技能——而不是仪表盘(仪表盘/看板),后者使用完全不同的布局与样式系统。
亚马逊广告 Sponsored Products(SP)洞察报告技能,统一获取 Audience 受众细分表现和 Search Term Impression Share/Rank 搜索词展示份额/排名两类 Amazon Ads Reporting API v1 beta 报告。自动完成 profile 到 advertiser account 映射、报告创建、状态轮询、多分片 CSV 下载和落盘。只有用户明确要求 SP 受众报告、SP 搜索词展示份额或展示份额排名时触发;普通 SP 搜索词表现报告、SB/SD/DSP 报告不得触发。本技能依赖 linkfox-amazon-ads-auth。
一个开放协议,规定了 AI 应用如何以统一方式连接外部工具与数据源。客户端负责与模型对话,MCP 服务负责提供工具、资源和提示模板,两者通过标准消息通信,同一个服务可以被不同客户端复用。
